Theo ông Nguyễn Huy Quang, Vụ trưởng Vụ pháp chế Bộ Y tế đã khẳng định lại vụ tai biến chạy thận xảy ra tại BV Hòa Bình là sự cố y khoa đặc biệt nghiêm trọng, chưa từng xảy ra trong lịch sử lọc thận của Việt Nam. Ngay sau khi vụ tai biến xảy ra, Bộ Y tế đã cử các cán bộ trực tiếp phụ trách lĩnh vực trên lên Hoà Bình kiểm tra xem xét, làm việc với cơ quan Công an, Sở Y tế Hoà Bình, ban lãnh đạo BV Hoà Bình.
Qua đó, Bộ Y tế đề nghị các cơ quan chức năng khẩn trương điều tra, truy tố, xem xét và có kết luận rõ ràng, ràng buộc trách nhiệm các chủ thể liên quan tới vụ việc. Chỉ đạo Sở y tế Hoà Bình khẩn trương thành lập hội đồng chuyên môn, đánh giá nguyên nhân gây tử vong. Đồng thời chỉ đạo Bệnh viện Bạch Mai đưa ra phương án cấp cứu, điều trị chạy thận cho các bệnh nhân vì không có chạy thận sẽ có các biến chứng xảy ra ngay.
Ông Quang cũng cho biết, khi cơ quan Công an khởi tố vụ án, khởi tố bị can, Bộ Y tế cũng chỉ đạo các đơn vị chức năng của Bộ, Sở Y tế, BV Hòa Bình phục vụ cơ quan điều tra hoàn thành nhiệm vụ của mình, trên quan điểm tôn trọng các cơ quan truy tố và xét xử. Trong quá trình phiên tòa diễn ra, mặc dù không được tòa mời nhưng Bộ Y tế vẫn cử các đại diện có liên quan theo dõi diễn biến tòa. Đánh giá về các bằng chứng mà Viện Kiểm sát buộc tội bị cáo Hoàng Công Lương (bác sĩ Đơn nguyên Thận nhân tạo BV Hòa Bình), ông Quang cho rằng những bằng chứng đó còn yếu nên hy vọng tòa sẽ tuyên bác sĩ Lương vô tội.
Liên quan tới ý kiến trong quá trình tranh luận tại tòa, đại diện Viện kiểm sát nhân dân TP Hòa Bình cho rằng, công văn của Bộ Y tế trả lời cơ quan điều tra và Công ty Luật Nguyễn Chiến có sự mẫu thuẫn với nhau về chi tiết sự cần thiết phải lấy mẫu nước đi xét nghiệm theo tiêu chuẩn AAMI sau khi kết thúc sửa chữa, bảo dưỡng hệ thống lọc nước RO của máy chạy thận, ông Quang khẳng định, 2 công văn trên không mâu thuẫn.
Đối với ý kiến của luật sư Trần Hồng Phúc tại phiên tòa cho rằng, Bộ Y tế phải có trách nhiệm trong vụ án vì đã chậm chễ ban hành các quy định về lọc máu, chạy thận nhân tạo, cũng như những quy định về việc bảo dưỡng, sửa chữa hệ thống lọc nước RO phục vụ chạy thận nhân tạo, ông Nguyễn Trọng Khoa, Phó Cục trưởng Cục quản lý Khám chữa bệnh cho biết, từ năm 2000, Bộ Y tế đã ban hành quy trình lọc máu chu kỳ bằng kỹ thuật thận nhân tạo, sau đó liên tục cập nhật hàng năm. Cụ thể, năm 2004 và 2014, Bộ Y tế đã cập nhật thêm quy trình lọc thận và một số nội dung liên quan tới lĩnh vực này. Tiếp đó năm 2018, Bộ Y tế bổ sung 52 quy trình chạy thận, trong đó có 7 quy trình liên quan đến chất lượng hệ thống nước RO của máy chạy thận. "Ý kiến cho rằng Bộ y tế chậm trễ trong ban hành quy trình, chúng tôi hoàn toàn phản bác vì khoa học, y học có sự phát triển và tiến bộ liên quan nhiều ngành khoa học khác. Việc ban hành các quy trình phải có thời gian và quy trình..."- ông Khoa nhấn mạnh.
Trong khi đó, ông Nguyễn Minh Tuấn, Vụ trưởng Vụ Trang thiết bị và Công trình y tế cho biết, Bộ Y tế có những tiêu chuẩn, quy định quản lý thiết bị y tế, đặc biệt là hệ thống lọc nước RO trong chạy thận. Nhà sản xuất hoặc nhà cung cấp thiết bị y tế phải cung cấp cho bên sử dụng, cụ thể là BV tỉnh Hoà Bình có các thông tin về tiêu chuẩn thiết bị, cảnh báo nguy cơ gây bất an toàn về thiết bị, lắp đặt hướng dẫn các thiết bị cảnh báo an toàn thiết bị trước khi đưa vào sử dụng. Còn đơn vị sử dụng có trách nhiệm xây dựng quy trình có liên quan để phổ biến các đơn vị cụ thể hệ thống RO cần phải nắm vững, xây dựng tiêu chuẩn kỹ thuật, yêu cầu chất lượng nước phù hợp với máy chạy thận nhân tạo của hãng sản xuất.