Theo đó, đường sắt Bắc - Nam theo kịch bản xây mới đường đôi, khổ ray 1.435mm, khai thác tàu chở khách và dự phòng cho chở hàng khi có nhu cầu, tốc độ thiết kế 350 km/h. Tổng vốn đầu tư dự án khoảng 68,98 tỷ USD. Trong trường hợp đầu tư ngay hạ tầng, thiết bị, phương tiện để phục vụ khai thác tàu hàng chạy Bắc - Nam, vốn đầu tư dự án khoảng 71,69 tỷ USD.
Với phương án này, tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam sẽ được làm mới hoàn toàn với 60% là cầu, 10% hầm, 30% chạy trên nền đất. Toàn tuyến có 23 ga khách, 5 khu tập kết, sửa chữa, bảo dưỡng, 40 cơ sở bảo trì hạ tầng, 5 ga hàng, 4 đề-pô (depot), 28km tuyến nối ga để khai thác chạy tàu hàng khi nhu cầu hàng hóa vượt năng lực khai thác.
Dự án cần mua sắm 74 đoàn tàu động lực phân tán, với 1.184 toa xe, năng lực chạy tàu đáp ứng 175 đôi tàu/ngày đêm (đường sắt tốc độ cao 150 đôi tàu, đường sắt hiện hữu 25 đôi tàu), vận chuyển khoảng 133,5 triệu hành khách/năm và 20 triệu tấn hàng hóa/năm.
Bộ Xây dựng cũng đề nghị Bộ GTVT nghiên cứu nâng cấp, hiện đại hóa tuyến đường sắt Bắc - Nam hiện hữu theo hướng thay thế toàn bộ khổ đường 1.000mm hiện nay bằng khổ tiêu chuẩn 1.435mm. Đồng thời, Bộ GTVT cần phối hợp với các địa phương có dự án chạy qua để giữ nguyên thỏa thuận hướng tuyến, tránh việc phải điều chỉnh hướng tuyến làm phát sinh chi phí đầu tư; bổ sung các căn cứ pháp lý đề xuất sơ bộ tổng vốn đầu tư.
2 kịch bản còn lại đang được Bộ GTVT lấy ý kiến các thành viên Ban Chỉ đạo xây dựng. Trong đó, kịch bản 1 là xây dựng mới tuyến đường sắt Bắc - Nam đường đôi, khổ ray 1.435mm, chiều dài 1.545km, tốc độ thiết kế 350 km/h, khai thác riêng tàu khách. Đồng thời nâng cấp cải tạo đường sắt Bắc - Nam hiện hữu để chuyên chở hàng, chở khách du lịch và khách chặng ngắn. Tổng vốn đầu tư khoảng 67,32 tỷ USD.
Kịch bản 2 xây dựng mới tuyến đường sắt Bắc - Nam, đường đôi, khổ ray 1.435mm, tải trọng 22,5 tấn/trục, khai thác chung cả tàu chở khách và chở hàng, tốc độ thiết kế khoảng 200-250 km/h, chạy tàu hàng tối đa 120 km/h. Đồng thời hiện đại hóa đường sắt Bắc - Nam hiện hữu để chuyên chở hàng, chở khách du lịch và khách chặng ngắn. Tổng vốn đầu tư khoảng 72,02 tỷ USD.