Sau khi kiểm tra thực tế tại di tích, đoàn công tác khẳng định, nhà chùa đã tự ý xây dựng một số hạng mục mới trong khu vực bảo vệ II của di tích quốc gia chùa Đậu khi chưa có ý kiến thẩm định của Bộ VH-TT-DL theo quy định tại Nghị định 166/2018/NĐ-CP ngày 25-12-2018 của Chính phủ.
Các hạng mục này bao gồm: Cổng vào liền kề Tả vu, giảng đường, nhà khách. Việc tự ý xây dựng là vi phạm nghiêm trọng pháp luật về di sản văn hóa, quy định tại Điều 24, Khoản 2 mục b Nghị định số 158/2013/NĐ-CP ngày 12-11-2013 của Chính phủ Quy định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực văn hóa, thể thao, du lịch và quảng cáo.
Đoàn công tác của Bộ VH-TT-DL tiến hành thanh, kiểm tra những sai phạm của di tích quốc gia chùa Đậu, Hà Nội “Các công trình lầu Quan âm, Thủy đình Di lặc và 2 cầu giữa hồ, bãi đỗ xe và đường vào di tích (từ phía bên phải di tích) được xây dựng mới, nếu xét thấy có khả năng ảnh hưởng tới di tích chùa Đậu cần phải có ý kiến thỏa thuận của Bộ VH-TT-DL theo quy định tại Điều 36 Luật Di sản văn hóa năm 2001, sửa đổi bổ sung năm 2009”, đoàn kiểm tra nhấn mạnh.
Những công trình mới đã được xây dựng không phép trong khu vực bảo vệ II của di tích quốc gia Theo ông Trần Đình Thành, Phó cục trưởng Cục Di sản văn hóa, những vi phạm này ảnh hưởng không nhỏ đến công tác bảo vệ, phát huy giá trị di tích, đặc biệt khi địa phương mong muốn đề nghị công nhận chùa Đậu là di tích quốc gia đặc biệt.
Về màu sơn tại tam quan di tích, theo Phó Cục trưởng lưu ý, chủ đầu tư, ban quản lý, chính quyền địa phương cần có giải pháp, tính toán sử dụng tông màu phù hợp hơn để không đánh mất đi vẻ cổ kính của di tích ngàn năm này.
Đại diện Cục Di sản yêu cầu tính toán sử dụng tông màu phù hợp hơn để không đánh mất đi vẻ cổ kính của di tích ngàn năm này Trước những vi phạm nói trên, đoàn kiểm tra nhận định việc UBND xã, ban quản lý di tích chùa Đậu, xã Nguyễn Trãi và các ngành chuyên môn của huyện Thường Tín chưa tham mưu quyết liệt cho UBND huyện, phối hợp với các sở, ngành liên quan trong công tác quản lý bảo vệ và phát huy giá trị của di tích. Việc xây dựng của nhà chùa có dấu hiệu vi phạm pháp luật, cần phải được xử lý kịp thời.
Đoàn kiểm tra cũng đồng thời đề nghị Trung ương Giáo hội Phật giáo Việt Nam, Giáo hội Phật giáo Hà Nội có văn bản chỉ đạo các sư trụ trì tuân thủ nghiêm túc Luật Di sản văn hóa trong việc tu bổ, tôn tạo các cơ sở tôn giáo - tín ngưỡng là di tích lịch sử - văn hóa và danh lam thắng cảnh đã được xếp hạng các cấp và trong danh mục kiểm kê.
Đối với những sai phạm tại chùa Đậu, kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm vì đã xây mới một số hạng mục khi chưa có ý kiến của Bộ VH-TT-DL: Cổng vào liền kề Tả vu, giảng đường và nhà khách.
Lầu quan âm mới xây với quy mô lớn 
Lầu Quan âm, Thủy đình Di lặc và 2 cầu nối giữa Thủy đình, trong đó lầu Quan âm là công trình xây mới, tuy nằm trên phần đất ruộng được sư trụ trì mua lại để mở rộng không gian di tích, song việc xây dựng công trình gần với di tích vẫn phải xin thỏa thuận của ngành văn hóa Tại thời điểm này, theo đề xuất của UBND huyện, Hà Nội đã xây dựng hồ sơ đề nghị Bộ VH-TT-DL trình Chính phủ công nhận chùa Đậu là di tích quốc gia đặc biệt. Nhưng theo quan điểm của đoàn công tác, những vi phạm lần này sẽ ảnh hưởng đến quá trình xem xét của Hội đồng Di sản quốc gia.
“Sau buổi kiểm tra, các cơ quan quản lý sẽ tiếp tục có những bàn thảo đánh giá, xác minh tính chất, mức độ sai phạm. Thanh tra Bộ, Cục Di sản Văn hóa sẽ tham mưu lãnh đạo Bộ có biện pháp xử lý kịp thời, trên tinh thần cùng với địa phương, nhà chùa tăng cường công tác quản lý, phát huy giá trị di sản”, Phó Chánh Thanh tra Bộ VH-TT-DL Trần Kim Hậu khẳng định.
