Theo Kết luận thanh tra, có 4 đơn vị SNCL chưa tự chủ hoàn toàn trực thuộc Bộ TN-MT sử dụng lao động hợp đồng làm công tác chuyên môn, nghiệp vụ vượt số lượng người làm việc được giao.
Việc tuyển dụng công chức của bộ này có 4 trường hợp không gửi văn bản thống nhất ý kiến Bộ Nội vụ trước khi tuyển dụng (các trường hợp là hợp đồng lao động từ năm 2000, 2007). Có đơn vị xét tuyển đặc cách trong tuyển dụng viên chức không thể hiện nội dung phỏng vấn và biểu quyết, đồng thời không có báo cáo Bộ TN-MT về kết quả xét tuyển.
Trong thời gian trên, Bộ TN-MT xét tuyển viên chức được 235 người ở 28 kỳ xét tuyển đối với 12 đơn vị. Theo Bộ Nội vụ, vẫn còn có những đơn vị của bộ này không có kế hoạch tuyển dụng trước khi tổ chức tuyển dụng, một số đơn vị thực hiện thông báo tuyển dụng, nhận hồ sơ dự tuyển chưa đảm bảo quy định; thành lập Hội đồng xét tuyển và Ban kiểm tra, sát hạch trước khi hết hạn nhận hồ sơ dự tuyển; câu hỏi phỏng vấn không có đáp án; thiếu sót trong việc tổ chức chấm thi, tổng hợp kết quả thi nhưng không ảnh hưởng đến kết quả tuyển dụng; còn có trường hợp không phân công hướng dẫn tập sự hoặc cử 1 viên chức cùng lúc hướng dẫn nhiều người tập sự.
Nghiêm trọng hơn, trong việc bổ nhiệm công chức, viên chức giữ chức vụ lãnh đạo, quản lý, Bộ TN-MT đã để 1 trường hợp thiếu bằng cấp lý luận chính trị, 57 trường hợp thiếu bằng trung cấp lý luận chính trị; 4 trường hợp thiếu chứng chỉ quản lý nhà nước ngạch chuyên viên, chuyên viên chính hoặc tương đương; 36 trường hợp chưa có chứng chỉ bồi dưỡng năng lực, kỹ năng lãnh đạo cấp vụ, cấp phòng hoặc tương đương.
Một số lao động hợp đồng làm chuyên môn, nghiệp vụ tại đơn vị SNCL nhưng được bổ nhiệm chức vụ quản lý (đến thời điểm kiểm tra không còn giữ chức vụ); có 2 trường hợp tuyển dụng công chức không qua thi năm 2011 và năm 2012 không đúng thẩm quyền (hiện 1 trường hợp đã có quyết định hủy bỏ quyết định tuyển dụng).
Từ những sai phạm, thiếu sót trên, Bộ Nội vụ kiến nghị Bộ trưởng Bộ TN-MT cần chỉ đạo đúng, đầy đủ các quy định của pháp luật về quản lý biên chế công chức; số lượng người làm việc trong các đơn vị SNCL; tuyển dụng công chức, viên chức; bổ nhiệm công chức, viên chức lãnh đạo, quản lý và số lượng cấp phó; đảm bảo thực hiện chính sách tinh giản biên chế trong các cơ quan hành chính, đơn vị SNCL theo đúng chỉ tiêu kế hoạch và quy định của pháp luật.
Đặc biệt, thực hiện đúng quy định về cơ chế tự chủ của đơn vị SNCL tự đảm bảo chi thường xuyên được quyết định vị trí việc làm, cơ cấu viên chức theo chức danh nghề nghiệp phù hợp với chức năng, nhiệm vụ được giao. Với các trường hợp bổ nhiệm chức vụ là lãnh đạo, quản lý còn thiếu chứng chỉ, cần đi đào tạo, bồi dưỡng, thời gian bổ sung, hoàn thiện các tiêu chuẩn còn thiếu hoàn thành trong năm 2019.
