Trong tờ trình này, Bộ NN-PTNT đã đề xuất sắp xếp và tổ chức lại toàn bộ 4 tổng cục hiện nay thành 6 cục chuyên ngành trực thuộc. Cụ thể, chuyển Tổng cục Thủy lợi thành Cục Thủy lợi; Tổng cục Phòng chống thiên tai thành Cục Quản lý đê điều và Phòng chống thiên tai; Tổng cục Lâm nghiệp thành Cục Lâm nghiệp và Cục Kiểm lâm; Tổng cục Thủy sản thành 2 Cục Thủy sản và Cục Kiểm ngư.
Theo Bộ NN-PTNT, nếu sắp xếp, tổ chức lại theo đề xuất trên, sẽ giảm 34 cấp vụ nằm trong tổng cục, giảm 100% số phòng thuộc vụ. Bộ NN-PTNT cũng đề xuất sáp nhập Vụ Quản lý doanh nghiệp vào Vụ Tài chính, giúp giảm 1 vụ trưởng và 2 phó vụ trưởng như hiện nay. Theo đó, Bộ NN-PTNT còn 5 vụ gồm: Vụ Tổ chức cán bộ, Vụ Kế hoạch, Vụ KH-CN và Môi trường, Vụ Pháp chế, Vụ Hợp tác quốc tế. Đối với đơn vị cục, Bộ NN-PTNT đề nghị hợp nhất Cục Chế biến và Phát triển thị trường nông sản với Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản thành Cục Chất lượng, chế biến và phát triển thị trường.
