Theo báo cáo về vấn đề này của Đoàn giám sát của Quốc hội, từ nhiệm kỳ Quốc hội khóa XII đến nay, việc nghiên cứu để xây dựng cơ cấu tổ chức của Chính phủ cho nhiệm kỳ sau ít được quan tâm, nghiên cứu có bài bản từ sớm và chưa tính đến yêu cầu, đòi hỏi bức thiết và tầm nhìn dài hạn của quá trình đổi mới, cải cách về thể chế kinh tế.
Một ví dụ cụ thể là Đề án về cơ cấu tổ chức của Chính phủ nhiệm kỳ Quốc hội khóa XIV (2016 - 2021) chỉ được Chính phủ tiến hành trong thời gian rất ngắn trước ngày Quốc hội khóa XIV khai mạc kỳ họp thứ nhất và vẫn giữ nguyên cơ cấu của hai nhiệm kỳ trước. Đến nay, mới chỉ qua 1 năm thực hiện, đã phát sinh yêu cầu sát nhập hoặc sắp xếp lại phạm vi quản lý của một số bộ.
Cũng theo Đoàn giám sát, trong những nhiệm kỳ gần đây, vào đầu mỗi nhiệm kỳ, Chính phủ khóa mới đều sửa nghị định chung về chức năng, nhiệm vụ của bộ, cơ quan ngang bộ, soạn lại nghị định về cơ quan chuyên môn cấp tỉnh, cấp huyện; trên cơ sở đó mới ra nghị định về từng bộ, thông tư liên tịch về từng sở. Quá trình này kéo dài có khi đến hơn 3 năm trên tổng số 5 năm nhiệm kỳ Chính phủ, làm cho việc thể chế hóa những quan điểm đổi mới về tổ chức bộ máy của Chính phủ, các bộ, chính quyền địa phương thiếu tính kịp thời.
Đơn cử như đến hết năm 2016, vẫn còn 5 nghị định quy định cơ chế tự chủ của đơn vị sự nghiệp công lập trong các ngành, lĩnh vực (y tế; giáo dục và đào tạo; lao động - thương binh và xã hội; văn hóa, thể thao và du lịch; thông tin và truyền thông) chưa được ban hành để triển khai thực hiện Thông báo số 37-TB/TW ngày 26-5-2011 của Bộ Chính trị về Đề án “Đổi mới cơ chế hoạt động của các đơn vị sự nghiệp công lập, đẩy mạnh xã hội hóa một số loại hình dịch vụ sự nghiệp công”.
Đáng nói hơn, trong một số trường hợp, những nguyên tắc cơ bản về lập pháp vẫn chưa được tôn trọng. Một số văn bản quy phạm pháp luật không thuộc chuyên ngành về tổ chức bộ máy nhưng vẫn có quy định làm phát sinh tổ chức bộ máy mới hoặc dẫn đến tăng biên chế, gây khó khăn cho việc thực hiện cải cách tổ chức bộ máy hành chính nhà nước. Kết quả rà soát cho thấy có tới 18 luật của Quốc hội, 30 nghị định của Chính phủ, quyết định của Thủ tướng Chính phủ, 11 thông tư của bộ trưởng, thủ trưởng cơ quan ngang bộ có quy định tác động đến tổ chức bộ máy, biên chế giai đoạn 2011 - 2016 .
Việc ban hành các văn bản hướng dẫn thực hiện không chỉ diễn ra rất chậm, mà trong nhiều trường hợp lại không rõ ràng, mang tính nước đôi, gây nên tình trạng “buồn vui lẫn lộn”. “Buồn” vì không biết thực hiện như thế nào, và “vui” vì có lý do hợp lý để cứ thoải mái “nở nồi” mà không bị điều chỉnh. Đó là trường hợp của Nghị định 123/2016/NĐ-CP của Chính phủ, theo đó “không tổ chức phòng trong vụ; riêng trường hợp vụ có nhiều mảng công tác hoặc khối lượng công việc lớn, bộ trình Chính phủ quyết định số lượng phòng trong vụ tại nghị định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của bộ”. Quy định này lẽ ra cần được hiểu rằng, việc “không tổ chức phòng trong vụ” là nguyên tắc chủ yếu, còn việc tổ chức phòng chỉ thực hiện trong một số trường hợp ngoại lệ. Tuy nhiên, trên thực tế, việc tổ chức phòng tại các vụ, đơn vị thuộc bộ, ngành ở trung ương vẫn còn rất phổ biến. Ngay trong các nghị định mới ban hành về cơ cấu tổ chức của một số bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, thì số vụ có thành lập phòng cũng còn khá nhiều.
Trung ương đã vậy, ở địa phương cũng còn nhiều bất hợp lý. Cụ thể, hiện đang tồn tại sự “cào bằng” giữa các địa phương có quy mô, tính đặc thù và trình độ phát triển khác nhau. Theo báo cáo của các địa phương như TPHCM, TP Đà Nẵng, TP Hải Phòng, do tổ chức bộ máy bị cào bằng giữa các tỉnh, thành phố với miền núi và nông thôn, nên không phát huy được hiệu quả quản lý nhà nước theo lãnh thổ gắn với ngành, lĩnh vực và chưa tạo được cơ chế khuyến khích địa phương chủ động trong quản lý tổ chức bộ máy, công chức, viên chức.
Những vướng mắc, bất cập về khung khổ pháp luật, mà trên đây mới là một vài ví dụ cụ thể, rất cần được khắc phục để chủ trương cải cách tổ chức bộ máy hành chính nhà nước phát huy hiệu quả thực chất trong giai đoạn tới. Đó là còn chưa đề cập đến quá trình thực hiện và ai cũng biết rằng từ những văn bản pháp quy đến thực tế còn cả một chặng đường gian nan.
