Thanh tra tại Bộ KH-ĐT, cơ quan thanh tra xác định có nhiều tồn tại, thiếu sót, khuyết điểm. Cụ thể, tại thời điểm thanh tra, bộ này triển khai, ban hành kế hoạch cải cách hành chính giai đoạn 5 năm chưa kịp thời, chậm 1 năm so với yêu cầu. Bộ KH-ĐT còn chậm trong công tác cải cách hành chính; chưa hoàn thành danh mục dịch vụ công trực tuyến; chưa xây dựng, ban hành quy trình điện tử giải quyết thủ tục hành chính. Việc tiếp nhận, giải quyết hồ sơ thủ tục hành chính thuộc lĩnh vực bộ này quản lý cũng chưa đúng quy định về thời hạn, nhiều hồ sơ bị quá hạn.
Trong khi đó, ban hành kết luận thanh tra về nội dung trên tại Bộ Tài chính, Thanh tra Chính phủ xác định, bộ này có mức độ hài lòng của người dân, doanh nghiệp trong tiếp nhận giải quyết thủ tục hành chính còn thấp, năm 2022 chỉ đạt 41,94%, năm 2023 là 24,18%. Cũng theo kết luận thanh tra, tại thời điểm thanh tra, Bộ Tài chính không ban hành riêng các kế hoạch về cắt giảm, đơn giản hóa quy định liên quan đến hoạt động kinh doanh hàng năm (năm 2021, 2022, 2023) theo quy định mà lồng ghép tại các kế hoạch, chương trình hành động của bộ.
Cùng với đó, Bộ Tài chính chưa kịp thời thực hiện việc trình, báo cáo Thủ tướng Chính phủ phương án cắt giảm, đơn giản hóa quy định liên quan đến hoạt động kinh doanh theo quy định. Kết luận thanh tra cũng chỉ ra hàng loạt công việc mà Bộ Tài chính chậm thực hiện so với quy định, như: việc thực thi phương án phân cấp giải quyết thủ tục hành chính thuộc phạm vi quản lý của bộ chưa đảm bảo tiến độ, nhiệm vụ, lộ trình; chậm ban hành kế hoạch rà soát, đơn giản hóa thủ tục hành chính nội bộ giai đoạn 2022-2025...
Theo kết luận thanh tra, một số đơn vị thuộc Bộ Tài chính (Cục Tài chính doanh nghiệp, Cục Quản lý công sản, Cục Quản lý nợ và tài chính đối ngoại, Vụ Tài chính ngân hàng) trực tiếp tiếp nhận, giải quyết thủ tục hành chính không qua bộ phận một cửa đối với các thủ tục hành chính thuộc danh mục phải tiếp nhận và trả kết quả tại bộ phận một cửa, việc làm này là chưa đúng quy định.
Qua thanh tra, cơ quan thanh tra kiến nghị Bộ KH-ĐT và Bộ Tài chính chấn chỉnh, khắc phục, xử lý những hạn chế trên. Đồng thời, xử lý nghiêm theo quy định đối với các trường hợp cán bộ, công chức, viên chức cố tình chậm trễ, đùn đẩy, né tránh, có hành vi nhũng nhiễu, tiêu cực, gây phiền hà cho người dân và doanh nghiệp trong giải quyết thủ tục hành chính, cung cấp dịch vụ công.