Theo Bộ GTVT, từ năm 2017, Bộ đã tổ chức rà soát các nghiên cứu trước đây về dự án và tổ chức nghiên cứu cập nhật, bổ sung. Quá trình triển khai, Bộ GTVT đã tổ chức nhiều hội nghị, hội thảo chuyên đề, các báo cáo đầu kỳ, giữa kỳ, cuối kỳ để xin ý kiến của các cơ quan, đơn vị có liên quan và các chuyên gia.
Đến ngày 5-1-2019, Bộ GTVT đã nhận được ý kiến của 9 trên 10 bộ, ngành cơ bản thống nhất với đề xuất hồ sơ của Bộ GTVT trình Thủ tướng. Trên cơ sở kết quả nghiên cứu về phạm vi, quy mô, phương án công nghệ... căn cứ các quy định của pháp luật hiện hành, đơn vị tư vấn trong nước, với sự hỗ trợ của tư vấn nước ngoài, đã đề xuất tổng mức đầu tư dự án là 58,7 tỷ USD.
Về ý kiến của Bộ Kế hoạch và Đầu tư liên quan đến quy mô, tổng mức đầu tư dự án... Bộ GTVT cho biết sẽ có ý kiến, giải trình làm rõ trong quá trình thẩm định của Hội đồng thẩm định Nhà nước và thẩm tra của các cơ quan có liên quan trước khi trình Quốc hội thông qua chủ trương đầu tư dự án. Bộ GTVT cũng sẽ tiếp tục triển khai nghiên cứu, tham mưu và thực hiện các bước tiếp theo của Dự án một cách cẩn trọng, khách quan, tuân thủ đúng quy trình và các quy định của pháp luật hiện hành.
Trước đó, Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã có báo cáo Thủ tướng phương án thực hiện dự án đường sắt tốc độ cao Bắc – Nam, trong đó đề xuất tốc độ chạy tàu trên trục Bắc - Nam khoảng 200km/h, thời gian di chuyển giữa Hà Nội - TPHCM khoảng 8 giờ là hiệu quả. Với phương án trên, tổng mức đầu tư dự án khoảng 26 tỷ USD, giảm hơn 32 tỷ USD so với đề xuất của Bộ GTVT.
Trả lời về vấn đề này, đại diện Ban quản lý dự án đường sắt (Bộ GTVT) cho biết, không nhận được đề xuất, báo cáo nghiên cứu nào về phương án đầu tư 26 tỷ USD trong suốt quá trình nghiên cứu. Sau khi báo cáo nghiên cứu tiền khả thi được trình, đề xuất phương án 26 tỷ USD mới xuất hiện và chưa rõ cơ sở tính toán, nghiên cứu của Bộ KH-ĐT khi đưa phương án đầu tư này.
