Công văn do Cục trưởng Cục Quản lý chất lượng Mai Văn Trinh ký nêu rõ: Về bằng Thạc sĩ quản trị kinh doanh của ông Nam khi theo học chương trình hợp tác từ xa giữa Trường ĐH Bách khoa Hà Nội và Southern California University khóa 2000-2002, do trường đối tác cấp trong thời gian trường này chưa được kiểm định nên chưa được công nhận.
Về bằng tiến sĩ, trên trang thông tin điện tử của Trung tâm Thông tin quốc gia về công nhận văn bằng Thụy Sĩ, Trường Kinh doanh Business School Lausanne không có tên trong danh sách các cơ sở giáo dục đại học được công nhận tại Liên bang Thụy Sĩ. Hơn nữa, Trường Business School Lausanne là cơ sở giáo dục tư thục, không thuộc hệ thống giáo dục đại học của Thụy Sĩ. Do đó, bằng tiến sĩ do trường này cấp cho ông Nam không đáp ứng theo quy định của Bộ GD-ĐT.
Trong khi đó, theo thông tin của Cục Quản lý Xuất nhập cảnh Bộ Công an cung cấp, ông Nam chỉ sang Thụy Sĩ 2,5 tháng trong thời gian đào tạo 3 năm theo chương trình của Trường Business School Lausanne. Với những lý do trên, Cục Quản lý chất lượng chưa đủ cơ sở để công nhận bằng tiến sĩ của ông Nam.
Trước đó, như Báo SGGP đã thông tin, Hội đồng quản trị HUFLIT đã ra nghị quyết đề xuất UBND TPHCM miễn nhiệm hiệu trưởng nhiệm kỳ năm 2015-2020 đối với ông Trần Quang Nam (được bổ nhiệm làm hiệu trưởng từ năm 2016). Việc đề xuất miễn nhiệm hiệu trưởng giữa nhiệm kỳ do sử dụng bằng cấp chưa được công nhận.