Ngoài làm rõ hành vi của 17 bị can và đề nghị truy tố ở các tội danh khác nhau, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an xác định, đối với việc tham mưu, đề xuất, phê duyệt chuyến bay đưa công dân Việt Nam về nước trong đại dịch Covid-19 không thông qua tổ công tác 4 bộ/5 bộ. Quá trình điều tra vụ án xác định kết quả điều tra giai đoạn 1, các bị can Nguyễn Quang Linh, (cựu Trợ lý Phó Thủ tướng Thường trực Chính phủ); Nguyễn Thanh Hải (cựu Vụ trưởng), Nguyễn Tiến Thân và Nguyễn Mai Anh (cựu chuyên viên Vụ Quan hệ Quốc tế Văn phòng Chính phủ) đã tiếp nhận hồ sơ trực tiếp từ doanh nghiệp xin tổ chức chuyến bay, sau đó đề xuất ông Mai Tiến Dũng (cựu Bộ trưởng Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ) trình ông Phạm Bình Minh (cựu Phó Thủ tướng Thường trực Chính phủ) phê duyệt, không thông qua tổ công tác 4 bộ/5 bộ.
Trên cơ sở đó, các doanh nghiệp được phê duyệt tổ chức 86 chuyến bay đưa công dân Việt Nam từ nước ngoài về nước; thông qua việc này, các bị can Nguyễn Quang Linh, Nguyễn Thanh Hải, Nguyễn Tiến Thân và Nguyễn Mai Anh đã nhận hối lộ từ doanh nghiệp với số tiền gần 11 tỷ đồng (các bị can đã bị truy tố, xét xử tại giai đoạn 1 vụ án về hành vi nhận hối lộ).
Theo Cơ quan An ninh điều tra, việc tham mưu, đề xuất, phê duyệt chuyến bay đưa công dân Việt Nam về nước trong đại dịch Covid-19 không thông qua tổ công tác 4 bộ/5 bộ nêu trên là không đúng với chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ. Tuy nhiên, kết quả điều tra không xác định được hậu quả thiệt hại; các cá nhân có liên quan không có động cơ vụ lợi hoặc động cơ cá nhân khác, nên không có căn cứ xử lý hình sự.
Đối với việc Bộ VHTT-DL có hướng dẫn đối tượng khách du lịch bao gồm cả “người Việt Nam cư trú ở nước ngoài”, chưa đúng với quy định của Luật Du lịch 2017. Căn cứ kết quả điều tra, xác định các cá nhân tham gia soạn thảo, tham mưu, xây dựng và ban hành hướng dẫn không có động cơ vụ lợi hay động cơ cá nhân khác và không xác định được hậu quả thiệt hại nên không có căn cứ xem xét trách nhiệm hình sự của các cá nhân có liên quan.
Về kiến nghị làm rõ nhân thân, lai lịch của người tên “Đông” và lời khai của bị can Phạm Trung Kiên về việc sau khi nhận tiền hối lộ đã chuyển cho người này vay số tiền hơn 11 tỷ đồng để kinh doanh. Kết quả điều tra xác định: Người tên “Đông” tên đầy đủ là Bùi Duy Đông (cổ đông Công ty TNHH cổ phần sản xuất Xuất nhập khẩu Phú Hưng), là họ hàng bên vợ của bị can Phạm Trung Kiên; sự việc này là giao dịch dân sự, không có dấu hiệu tội phạm hình sự.
Đối với bà Lê Thị Hằng (Trưởng Phòng kiểm soát bệnh tật, Trung tâm y tế huyện Sóc Sơn, TP Hà Nội) và bà Nguyễn Thị Bích (chuyên viên Phòng Y tế huyện Sóc Sơn) đã có hành vi nhận số tiền hơn 25 triệu đồng của ông Nguyễn Huy Ty (Phó Giám đốc Công ty vận tải biển Sao Phương Đông) khi tiếp nhận 93 thuyền viên của công ty này về cách ly y tế tại huyện Sóc Sơn.
Kết quả điều tra xác định hành vi của Lê Thị Hằng và Nguyễn Thị Bích có dấu hiệu của tội “Nhận hối lộ”. Tuy nhiên, 2 cá nhân không sử dụng cá nhân số tiền hơn 25 triệu đồng, mà sử dụng chung công tác phòng chống dịch Covid-19; bà Hằng, bà Bích thành khẩn khai báo, ăn năn hối cải; tích cực hợp tác với cơ quan điều tra trong quá trình điều tra vụ án; đã tự nguyện nộp lại toàn bộ số tiền hơn 25 triệu đồng để khắc phục hậu quả.
“Xét tính chất, mức độ, hậu quả của hành vi sai phạm, không cần thiết phải xử lý hình sự, đề nghị UBND huyện Sóc Sơn có hình thức xử lý kỷ luật”, cơ quan điều tra thông tin.
Trong vụ án này, Cơ quan An ninh điều tra xác định nguyên nhân dẫn đến hành vi phạm tội là do các bị can đã lợi dụng hoàn cảnh tình hình dịch bệnh Covid-19; các công dân Việt Nam bị mắc kẹt ở nước ngoài có nhu cầu về nước rất lớn nhưng chưa có quy trình, quy định cụ thể giải quyết nên một số bị can là cán bộ ở các bộ, ban, ngành, địa phương liên quan vì động cơ vụ lợi, thiếu gương mẫu, rèn luyện, suy thoái về đạo đức, lối sống đã yêu cầu, thỏa thuận, nhận hối lộ trong việc đề xuất, phê duyệt chấp thuận chủ trương cách ly cho công dân về nước hoặc trục lợi thông qua quá trình làm thủ tục, xin cơ quan có thẩm quyền phê duyệt chấp thuận cho công dân về nước.
Cùng với đó, có bị can lợi dụng vị trí công tác đã hướng dẫn, xúi giục, che giấu hành vi phạm tội của bị can khác, gây cản trở quá trình điều tra vụ án.
Trong giai đoạn 2 của vụ án, Cơ quan điều tra kiến nghị khi Đảng và Nhà nước có chủ trương, chính sách và giao Chính phủ thực hiện, Chính phủ cần có cơ chế quản lý, giám sát chặt chẽ, có quy trình, quy định cụ thể để các cơ quan có thẩm quyền thực hiện; các bộ, ngành, địa phương khi được giao nhiệm vụ, cần ban hành các quy định, hướng dẫn triển khai cụ thể, công khai để tổ chức thực hiện. Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an sẽ có văn bản kiến nghị đến cơ quan, tổ chức chấn chỉnh, xử lý đối với các cá nhân có liên quan có dấu hiệu sai phạm nhưng không đến mức xử lý hình sự.