Cơ quan điều tra cũng đã ban hành kết luận điều tra vụ án hình sự trên và chuyển hồ sơ sang cơ quan công tố cùng cấp đề nghị truy tố các bị can, trong đó có Nguyễn Công Minh (sinh năm 1972 tại Hà Tĩnh; Chủ tịch HĐQT Tổng Công ty Cây xanh Công Minh), người này bị đề nghị truy tố vắng mặt.
Trước đó, Cơ quan An ninh điều tra, Bộ Công an ra lệnh truy nã đặc biệt đối với Nguyễn Công Minh về tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng".
Bộ Công an yêu cầu bị can Nguyễn Công Minh ra đầu thú để được hưởng khoan hồng của pháp luật.
Đầu năm 2025, đại diện Cục An ninh điều tra thông tin tại buổi họp báo của Bộ Công an, ngày 8-5-2024, Cơ quan An ninh điều tra, Bộ Công an đã ra quyết định khởi tố vụ án "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng; đưa và nhận hối lộ" xảy ra tại Tổng Công ty Cây xanh Công Minh và các tỉnh, thành phố.
Ngày 6-3-2025, cơ quan điều tra tiếp tục ra quyết định khởi tố 3 bị can, gồm: Nguyễn Công Minh; Lê Thị Hòa (Phó Chủ tịch HĐQT, kiêm Tổng Giám đốc Công ty Cây xanh Công Minh); Ngô Thị Ngọc Lý (Trưởng Ban Pháp lý kiêm kế toán trưởng Tổng Công ty Cây Xanh Công Minh) cùng về tội “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”.
Trong đó, bắt tạm giam thời hạn 4 tháng đối với Lê Thị Hòa và Ngô Thị Ngọc Lý.
Quá trình điều tra xác định, Nguyễn Công Minh đã chỉ đạo Lê Thị Hòa truyền đạt ý kiến của Minh hướng dẫn giám đốc khu vực, giám đốc chi nhánh liên hệ với chủ đầu tư can thiệp vào hoạt động đấu thầu; chỉ đạo các giám đốc khu vực, giám đốc chi nhánh lập hồ sơ dự thầu cho nhiều công ty trong hệ thống cùng tham gia đấu thầu với mục đích để một công ty trong số đó được thắng thầu.
Ở thời điểm tháng 4-2025, cơ quan điều tra xác định các bị can trong vụ án gây thiệt hại gần 100 tỷ đồng cho ngân sách.
