Kết quả điều tra cho thấy, năm 2007, ông Đinh La Thăng thay mặt Hội đồng Quản trị Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN) ký nghị quyết thông qua chủ trương đầu tư dự án Ethanol Phú Thọ.
Sau đó, PVN lập ban chỉ đạo triển khai các dự án nhiên liệu sinh học, do ông Đinh La Thăng làm trưởng ban. Để thực hiện dự án Ethanol Phú Thọ, PVB tiến hành mời gói thầu TK05. Có 6 bộ hồ sơ của các nhà thầu tham gia ứng tuyển (trong đó có liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T), Cơ quan An ninh điều tra xác định, dù 6 nhà thầu không đủ điều kiện nhưng ông Đinh La Thăng và cấp dưới vẫn ký nhiều công văn, chỉ đạo thực hiện chỉ định thầu cho liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T tham gia dự án.
Cá nhân ông Đinh La Thăng biết liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T không đủ năng lực, kinh nghiệm để thực hiện gói thầu TK05 nhưng vẫn chủ trì kết luận các cuộc họp ban chỉ đạo triển khai dự án, chỉ đạo quyết liệt và ra quyết định giao cho liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T thực hiện gói thầu theo hình thức chỉ định thầu. Quá trình thực hiện, do liên danh PVC/Alfa Laval/Delta-T không đủ năng lực nên dự án Nhà máy Ethanol Phú Thọ phải dừng thi công từ tháng 3-2013, gây thiệt hại cho Nhà nước số tiền lớn.
Cơ quan An ninh điều tra xác định, đây là vụ án đặc biệt nghiêm trọng, được dư luận xã hội đặc biệt quan tâm. Các bị can trong vụ án hầu hết là những người giữ vị trí chủ chốt trong những đơn vị kinh tế quan trọng, được Nhà nước tin tưởng giao cho quản lý vốn và thực hiện những dự án, công trình lớn. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện, các bị can đã có hành vi vi phạm pháp luật, gây thiệt hại đặc biệt lớn về kinh tế, cần phải xử lý nghiêm trước pháp luật. Quá trình điều tra, bị can Đinh La Thăng có thái độ thành khẩn khai báo, tích cực hợp tác với cơ quan điều tra. Từ những căn cứ, tài liệu điều tra, Cơ quan An ninh điều tra đề nghị Viện Kiểm sát nhân dân tối cao truy tố 10 bị can về tội “Vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng”.
Trước đó, Thanh tra Chính phủ xác định dự án Nhà máy Ethanol Phú Thọ đã tiêu tốn hơn 1.500 tỷ đồng nhưng đến thời điểm thanh tra (tháng 9-2016) vẫn dang dở, bế tắc.
