Cơ quan Cảnh sát điều tra - Bộ Công an đề nghị truy tố 41 bị can với cáo buộc phạm vào các tội danh: “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”, “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”, “Đưa hối lộ”, “Nhận hối lộ”, “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ”, “Lợi dụng ảnh hưởng đối với người có chức vụ, quyền hạn để trục lợi”.

Trong vụ án, có 9 bị can bị đề nghị truy tố về các tội “Nhận hối lộ”, trong đó có các bị can: Hoàng Thị Thúy Lan (cựu Bí thư Tỉnh ủy Vĩnh Phúc), Lê Duy Thành (cựu Chủ tịch UBND tỉnh Vĩnh Phúc, cựu Phó Bí thư Tỉnh ủy Vĩnh Phúc), Phạm Hoàng Anh (cựu Phó Bí thư Tỉnh ủy Vĩnh Phúc), Nguyễn Văn Khước (cựu Phó Chủ tịch UBND tỉnh Vĩnh Phúc), Cao Khoa (cựu Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Ngãi), Lê Viết Chữ (cựu Bí thư Tỉnh ủy Quảng Ngãi)…
Theo kết luận điều tra, bị can Nguyễn Văn Hậu và các bị can khác bị cáo buộc đã có hành vi vi phạm pháp luật trong một số dự án, gói thầu tại 4 địa phương.
Tại tỉnh Vĩnh Phúc, cơ quan điều tra đã làm rõ hành vi “Đưa hối lộ”, “Nhận hối lộ”, “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” xảy ra tại dự án Chợ đầu mối.
Với dự án Trường Cao đẳng Văn hóa nghệ thuật Vĩnh Phúc, dự án Đê tả sông Hồng và dự án Đường nội thị thị trấn Vĩnh Tường, cơ quan điều tra xác định các bị can đã “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”, “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Tại tỉnh Vĩnh Phúc, Cơ quan Cảnh sát điều tra - Bộ Công an còn cáo buộc bị can Hậu và đồng phạm đã “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng” liên quan 4 dự án bất động sản, gồm: Chợ đầu mối, Khu đô thị Tứ Trưng, Khu trung tâm thương mại và Nhà ở Phúc Sơn giai đoạn 1, 2.
Ở tỉnh Quảng Ngãi, cơ quan điều tra xác định, bị can Hậu và các bị can khác đã “Đưa hối lộ”, “Nhận hối lộ”, “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”, xảy ra tại 2 gói thầu thuộc dự án Đường bờ Nam sông Trà Khúc và dự án cải tạo, nâng cấp Quốc lộ 1.
Tại tỉnh Phú Thọ, Cơ quan Cảnh sát điều tra - Bộ Công an phát hiện 4 gói thầu của dự án Trung tâm lễ hội và dự án Phòng chống cháy rừng có “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”, “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” liên quan bị can Nguyễn Văn Hậu và một số bị can khác.
Tại tỉnh Vĩnh Long, cơ quan chức năng cáo buộc bị can Đặng Trung Hoành (cựu Chánh Văn phòng Huyện ủy Măng Thít) đã nhận tiền của Hậu thông qua việc lợi dụng công tác hoạt động từ thiện.
Trong vụ án này, bị can Hoàng Thị Thúy Lan bị cáo buộc nhận hối lộ tổng cộng gần 48 tỷ đồng. Bị can Lan bị cáo buộc phạm tội "Nhận hối lộ" theo Khoản 4, Điều 354 Bộ luật Hình sự với khung hình phạt 20 năm, chung thân hoặc tử hình.