Trước đó, Cơ quan Cảnh sát điều tra hoàn tất kết luận điều tra vụ án trên, đề nghị truy tố 38 bị can về nhiều tội danh, trong đó đề nghị truy tố bị can Nguyễn Đăng Thuyết (Tổng Giám đốc Công ty TNHH Thành An Hà Nội) về tội ''Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng''.
Tuy nhiên, sau đó, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao đã trả hồ sơ vụ án yêu cầu điều tra bổ sung. Cơ quan công tố cho rằng, kết quả giám định thuế xác định Công ty Thành An, Công ty Danh, Công ty Tràng Thi sử dụng hơn 19.000 hóa đơn khống để kê khai thuế gây thiệt hại cho Nhà nước số thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp hơn 743 tỷ đồng. Việc gây thất thoát tiền thuế nêu trên xuất phát từ hành vi mua 19.167 hóa đơn khống của 110 công ty/hộ kinh doanh của bị can Nguyễn Đăng Thuyết và đồng phạm. Do đó, hành vi nêu trên có dấu hiệu của tội “Trốn thuế”.
Căn cứ kết luận điều tra bổ sung, Cơ quan Cảnh sát điều tra giữ nguyên quan điểm kết luận và đề nghị truy tố trong bản kết luận điều tra ban hành trước đó.
Kết quả điều tra bổ sung cho thấy, bị can Nguyễn Đăng Thuyết thành lập Công ty Thành An, Công ty Danh và Công ty Tràng Thi cùng kinh doanh vật tư y tế đấu thầu. Bị can trực tiếp điều hành, chỉ đạo nhân viên kế toán lập, sử dụng hai hệ thống sổ kế toán. Trong đó, hệ thống sổ kế toán tài chính nội bộ, ghi nhận toàn bộ số liệu thực thu, thực chi, kết quả kinh doanh thực tế liên quan đến hoạt động của cả 3 công ty cũng như các số liệu chi không có chứng từ hợp pháp. Hệ thống sổ kế toán tài chính thuế khai man số liệu để lập các báo cáo tài chính, báo cáo thuế với các cơ quan quản lý nhà nước, tăng chi phí đầu vào, tăng giá vốn hàng bán, giảm lợi nhuận, giảm thuế phải nộp.
Kết quả điều tra xác định, các công ty Thành An, Danh, Tràng Thi mua 19.167 hóa đơn khống của 110 công ty/hộ kinh doanh nhằm khai man số liệu báo cáo thuế, tăng chi phí đầu vào để giảm thuế phải nộp và được các cá nhân có liên quan hạch toán vào hai hệ thống sổ kế toán nêu trên. Hóa đơn khống hạch toán vào sổ kế toán thuế; còn chi phí mua hóa đơn hạch toán vào sổ nội bộ.
Cơ quan điều tra cáo buộc, việc bị can Nguyễn Đăng Thuyết, Tổng Giám đốc Công ty Thành An chỉ đạo các nhân viên kế toán lập hai hệ thống sổ kế toán tài chính là hành vi khách quan của tội “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”. Để xác định hậu quả thiệt hại của tội “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”, Cơ quan Cảnh sát điều tra đã trưng cầu giám định viên Cục thuế TP Hà Nội tiến hành giám định.
Từ kết quả giám định cho thấy, hành vi sử dụng 19.167 hóa đơn khống gây thiệt hại cho ngân sách nhà nước tổng số tiền 743 tỷ đồng (là tiền thuế 3 công ty phải nộp cho Nhà nước từ năm 2017 - 2022). Thiệt hại này là yếu tố bắt buộc của tội "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng". Như vậy, hành vi của bị can Nguyễn Đăng Thuyết và các bị can có liên quan cấu thành tội “Vi phạm quy định quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng” và đã được khởi tố, kết luận điều tra. Do đó, không xem xét xử lý tội “Trốn thuế”. Trước khi bị khởi tố, bị can Nguyễn Đăng Thuyết đã bỏ trốn, Cơ quan Cảnh sát điều tra đã ra lệnh truy nã và kêu gọi người này ra đầu thú.
