Kiểm toán Nhà nước đã chỉ ra hàng loạt sai phạm lớn ở nhiều dự án BOT: Đường Pháp Vân - Cầu Giẽ, số thu bình quân 1,97 tỷ đồng/ngày trong khi nhà đầu tư báo cáo số thu chỉ là 582 triệu đồng/ngày (bằng 29% so với thực tế). Quốc lộ 1 đoạn tránh TP Đồng Hới (Quảng Bình) có doanh thu năm 2015 lên tới 111 tỷ đồng nhưng trong phương án tài nêu chỉ 90,42 tỷ đồng, thu vượt trên 20 tỷ đồng.
Kiểm soát thu phí của nhà đầu tư hay đơn vị trúng thầu hoặc được giao khoán tổ chức thực hiện dường như được bảo mật, người dân và cả tài xế đóng phí để qua trạm hầu như không biết. Nội bộ các bên tham gia cũng từng tố nhau thiếu minh bạch thu phí ở dự án BOT Pháp Vân - Cầu Giẽ, báo chí đã phản ảnh, dư luận xôn xao.
Chính nội bộ với nhau còn mất niềm tin thì liệu người dân có thể tin số tiền thu phí không bị thất thoát trong thời gian 15 năm, 20 năm, 30 năm? Thực tế ở hầu hết các trạm đấu giá quyền thu phí BOT, đơn vị được lựa chọn tổ chức thực hiện theo quy trình khép kín và có toàn quyền sử dụng số tiền thu được theo kiểu đã đấu thầu thì lời được hưởng còn lỗ thì tự chịu, phía cơ quan chức năng cũng ít khi quan tâm đến số tiền đã thu.
Để tránh gian lận trong đầu tư theo hình thức BOT, phải minh bạch thông tin, cạnh tranh trong lựa chọn đơn vị thu phí, có tổ chức độc lập giám sát tổng số tiền thực tế đã được thu. Việc đầu tiên, hãy thanh tra công tác thu phí toàn bộ các trạm BOT đã và đang hoạt động để kịp phát hiện, ngăn chặn những sai phạm (nếu có), xử lý nghiêm các tổ chức và cá nhân gian lận doanh thu, trốn thuế, làm căn cứ cho việc tính toán để đấu giá quyền thu phí BOT trên cơ sở thực tế.
Trong đấu thầu hay giao khoán nhượng quyền thu phí, ưu tiên các đơn vị không có vi phạm, gian lận, trốn thuế ở các trạm thu phí cũng như những công việc trước đây đã tham gia ở dự án BOT. Cần đơn vị có chức năng và chuyên môn đại diện cơ quan nhà nước theo thẩm quyền để giám sát doanh số thực tế và công tác thu phí tại trạm. Qua đó, mọi thông tin đều được kiểm soát, xác định chính xác tổng số tiền đã thu và mức đầu tư của đơn vị được quyền thu phí đã thực sự bỏ ra để trúng thầu giao khoán. Các công việc này hoàn toàn độc lập, không ảnh hưởng tiến trình thu phí.
Nên tạo cơ hội cho người dân thực hiện vai trò theo dõi, giám sát, bằng cách buộc đơn vị thu phí công khai doanh số trong ngày trên bảng điện tử tại trạm. Người dân là chủ thể chi trả cho các khoản đầu tư, kể cả bỏ tiền ra đóng phí để qua trạm, phải có quyền được cung cấp thông tin đầy đủ. Ngoài ra, hợp đồng BOT và phương án thu phí không phải là tài liệu bí mật, phải công khai.
Bên cạnh việc buộc đơn vị thu phí sử dụng phần mềm do Bộ Giao thông Vận tải cung cấp, cần ưu tiên áp dụng công nghệ mới. Ở trạm thu phí BOT nên áp dụng công nghệ tiên tiến bằng tự động không dừng và sử dụng ấn chỉ mã vạch, không có sự tác động của nhân viên (để kiểm soát chặt chẽ và có thể trích xuất bất cứ lúc nào vì lưu trữ tất cả số liệu, lượt xe, biển số, giá vé, file ảnh, video...).
Nhằm giám sát chặt hơn đối với công tác thu phí các trạm BOT, nếu chỉ để các đơn vị trong ngành giao thông, chủ đầu tư thực hiện giám sát thì có thể thiếu khách quan “vì vừa đá bóng vừa thổi còi”, do vậy, nên có sự vào cuộc của Thanh tra Chính phủ, Thanh tra Bộ Xây dựng, Thanh tra Bộ Tài chính.