Mục tiêu nhằm nâng cao đóng góp của khoa học- công nghệ và đổi mới sáng tạo vào tăng trưởng kinh tế nông nghiệp thông qua các hoạt động nghiên cứu, chuyển giao và ứng dụng khoa học - công nghệ của các tổ chức khoa học - công nghệ công lập và khu vực tư nhân, đóng góp vào tăng trưởng ngành nông nghiệp ở mức 40% trở lên; nhân rộng quy trình sản xuất tốt (VietGAP) các lĩnh vực trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản...
Chương trình sẽ thu hút đầu tư nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, nông nghiệp sạch, nông nghiệp hữu cơ, công nghiệp chế biến nông sản... tổng mức khoảng 28.000 tỷ đồng.