Dự kiến, khu này sẽ có tổng diện tích mặt nước trên 2.400ha, được chia thành 3 phân khu chính, gồm: phân khu lõi (bảo vệ nghiêm ngặt); phân khu phục hồi; phân khu hành chính, dịch vụ và vùng đệm…
Sau khi lập xong quy hoạch, các đơn vị tư vấn khoa học sẽ được mời đánh giá các giá trị sinh thái, sinh học của khu dự trữ này để báo cáo UBND tỉnh phê duyệt chủ trương thành lập vừa bảo tồn, khai thác hiệu quả tiềm năng của khu dự trữ thiên nhiên này. Đầm Thị Nại được đưa vào danh mục các khu sinh thái cần bảo tồn theo Quyết định 45/QĐ-TTg ngày 8-1-2014 của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt quy hoạch tổng thể bảo tồn đa dạng sinh học của cả nước đến năm 2020, định hướng đến năm 2030.
Theo kết quả điều tra sinh thái được Sở TN-MT tỉnh và Viện TN-MT thực hiện 2021-2022, đầm có 145 loài; 191 động vật đáy; 126 loài cá; 103 loài chim và đặc biệt có 225 loài động, thực vật theo danh mục Sách đỏ Liên minh Bảo tồn thiên nhiên quốc gia.
