Ông Sơn bị khởi tố bởi Cơ quan điều tra công an huyện Bố Trạch vào ngày 30-1-2018 với tội danh “Lạm dụng chức vụ, quyền hạn, chiếm đoạt tài sản”. Hiện cơ quan điều tra xác định ông Sơn chiếm đoạt 112 triệu đồng của 5 hộ dân trên địa bàn. Ông Nguyễn Quang Tiến, Chủ tịch UBND xã Phúc Trạch, cho biết: “Mặc dù đang trong thời hạn khởi tố để điều tra, song ông Sơn vẫn công tác bình thường. UBND xã chỉ quản lý và sử dụng cán bộ, còn việc tạm đình chỉ công tác hay áp dụng các hình thức xử lý kỷ luật khác thuộc thẩm quyền của UBND huyện, vì ông Sơn là công chức”.
Năm 2017, Chủ tịch UBND huyện Bố Trạch, ông Trần Quang Vũ, đã ra Quyết định số 5388/QĐ-CT kỷ luật cảnh cáo đối với ông Nguyễn Thanh Sơn. Đại tá Đặng Văn Hoành, Trưởng Công an huyện Bố Trạch cho biết, hiện đang khởi tố điều tra, chưa khẳng định ông Nguyễn Thanh Sơn có tội, nên chỉ áp dụng biện pháp ngăn chặn cấm đi khỏi nơi cư trú đối ông Sơn. Việc đình chỉ hay chuyển đổi công tác hoàn toàn thuộc thẩm quyền của UBND huyện.
