Theo nội dung đơn được công bố tại phiên tòa, bị cáo Nguyễn Đăng Thuyết giải trình rằng bản thân không có mặt ở Việt Nam do điều kiện khách quan nên không tham gia phiên tòa được. Do đó, bị cáo viết đơn này nhận trách nhiệm, xin xét xử vắng mặt và xin được hưởng khoan hồng.
Bị cáo bày tỏ “tôn trọng kết quả điều tra của cơ quan điều tra, viện kiểm sát, bản án sau này và không khiếu nại các nội dung” vì đây là kết quả làm việc của các cơ quan tiến hành tố tụng.

Về nội dung vụ án, bị cáo Nguyễn Đăng Thuyết thừa nhận bị cáo là chủ sở hữu duy nhất 3 công ty trên, điều hành, chỉ đạo toàn bộ chiến lược, chính sách cả 3 công ty, được hưởng lợi từ kết quả kinh doanh và cũng chịu trách nhiệm đối với mọi rủi ro, thiệt hại kể cả trách nhiệm pháp lý.
Bị cáo Thuyết xin nhận tất cả trách nhiệm đối với những vi phạm về kế toán xảy ra tại 3 doanh nghiệp giai đoạn 2017-2022 như truy tố.
Đối với các đồng nghiệp, nhân viên tại 3 công ty trên, bị cáo Thuyết cho biết họ chỉ thực hiện theo sự phân công, không hiểu hết tính chất công việc được giao thực hiện. Họ cũng không được hưởng lợi mà chỉ được hưởng lương. Một số ít người được hưởng lợi phần nào nhưng không có mục đích trục lợi từ trước khi thực hiện các vi phạm.
Về hậu quả vụ án, bị cáo Nguyễn Đăng Thuyết nói rằng các cơ quan tố tụng xác minh được 19.167 tờ hóa đơn cộng với tổng chênh lệch hóa đơn, doanh thu lợi nhuận thực tế là hơn 740 tỷ đồng. Cá nhân bị cáo chưa bao giờ thực hiện theo dõi, thống kê nhưng như đã trình bày ở trên thì bị cáo chấp nhận kết quả và cam kết sẽ cố gắng khắc phục tối đa các hậu quả.

“Hiện nay, do hoàn cảnh các con tôi đang học ở nước ngoài và tôi là người giám hộ duy nhất nên không kịp về nước. Tôi cam kết sẽ thu xếp về nước sớm nhất để thi hành án", bị cáo Nguyễn Đăng Thuyết trình bày trong đơn.
Bên cạnh đó, bị cáo Thuyết cũng đề nghị hội đồng xét xử xem xét toàn diện, thấu đáo vụ án, trong đó chú ý những đóng góp vào sự phát triển y tế Việt Nam của toàn bộ nhân viên 3 doanh nghiệp. Bản thân gia đình bị cáo có nhiều đóng góp trong cuộc chiến tranh giữ nước, bố bị cáo, anh bị cáo đều tham gia chiến trường.
Về người vợ đang bị xét xử, bị cáo Nguyễn Đăng Thuyết đề nghị hội đồng xét xử xem xét vai trò của từng cá nhân, xem xét hoàn cảnh gia đình vợ rất khó khăn và éo le, xin xem xét quyền lợi của phụ nữ và trẻ nhỏ cho vợ được hưởng hình phạt thấp nhất.
Theo cáo trạng, từ năm 2017 đến 2022, nhằm che giấu lợi nhuận thực tế để thu lợi bất chính, bị cáo Nguyễn Đăng Thuyết cùng các bị cáo Nguyễn Nhật Linh (Phó Tổng Giám đốc Công ty Thành An), Đỗ Thị Hoa (kế toán Công ty Thành An), Nguyễn Thị Hòa (giám sát kế toán Công ty Thành An), Bùi Thị Mai Hương (Kế toán trưởng Công ty Danh), Nguyễn Quý Khái (Giám đốc Công ty Danh) lập, sử dụng hai hệ thống sổ kế toán tài chính trong một kỳ kế toán nhằm khai gian dối số liệu các khoản thu, chi tài chính; lập báo cáo tài chính không đúng thực tế kết quả kinh doanh, ký hợp đồng mua bán hàng khống, mua hóa đơn đầu vào của 110 công ty/hộ kinh doanh cá thể để hạch toán tăng giá vốn hàng hóa, tăng chi phí, giảm lợi nhuận thực tế.
Hành vi lập, sử dụng hai hệ thống sổ kế toán của các bị cáo này đã dẫn đến hậu quả gây thiệt hại về thuế phải nộp cho Nhà nước với tổng số tiền hơn 743 tỷ đồng (trong đó thuế giá trị gia tăng hơn 62 tỷ đồng và thuế thu nhập doanh nghiệp hơn 680 tỷ đồng), phạm vào tội "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng".
Đối với 32 bị cáo còn lại, viện kiểm sát xác định họ là giám đốc, chủ cửa hàng, đại diện theo pháp luật của các công ty, hộ kinh doanh cá thể, mặc dù không có hoạt động kinh doanh với Công ty Thành An, Công ty Danh, Công ty Tràng Thi nhưng vẫn ký hợp đồng để bán hóa đơn khống cho nhóm Công ty Thành An nhằm mục đích thu lợi bất chính.