Trong giai đoạn 2 vụ án, cơ quan điều tra cáo buộc cựu Chủ tịch Tập đoàn Vạn Thịnh Phát Trương Mỹ Lan có hành vi rửa tiền với số tiền hơn 445.000 tỷ đồng từ nguồn tiền “Tham ô tài sản”, “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”, “Vận chuyển trái phép tiền tệ qua biên giới” với số tiền hơn 106.000 tỷ đồng.
Theo cáo buộc, nguồn tiền phạm tội “Tham ô tài sản” của Ngân hàng TMCP Sài Gòn (SCB), lừa đảo chiếm đoạt tài sản từ phát hành trái phiếu, được bà Trương Mỹ Lan chỉ đạo rót tiền mặt, chuyển nộp vào tài khoản đứng tên tổ chức/cá nhân, chuyển giữa các tài khoản, sử dụng thanh toán các khoản chi cho các mục đích khác nhau.
Các mục này thường là trả gốc, lãi trái phiếu; chi trả nợ các khoản vay tại SCB; chi phí lãi vay, chi phí hoạt động của SCB; chi khác (chi trả cho những người được thuê đứng tên làm giám đốc, cho những người ký chứng từ chạy dòng tiền...); chi cho dự án đang triển khai dở dang (dự án Mũi Đèn Đỏ; dự án A6, huyện Bình Chánh); chi trả cho khoản vay của các ngân hàng khác; chi cho các cá nhân; chuyển tiền ra nước ngoài; chuyển khoản thanh toán các khoản chi cá nhân của Trương Mỹ Lan và Chu Lập Cơ (chồng bà Lan)...
Đối với việc chuyển tiền ra nước ngoài, cơ quan điều tra làm rõ, bà Trương Mỹ Lan giao cho Trương Khánh Hoàng (quyền Tổng Giám đốc SCB), Trần Thị Mỹ Dung (Phó Tổng Giám đốc phụ trách xử lý tín dụng và nợ xấu SCB) phối hợp với Nguyễn Phương Anh (Phó Tổng Giám đốc Công ty CP Tập đoàn Sài Gòn Peninsula) để lập các khoản vay “khống” tại SCB, lấy nguồn tiền để chuyển ra nước ngoài và sử dụng cho các mục đích khác ở trong nước.
Tại cơ quan điều tra, bà Trương Mỹ Lan khai tiền nhận từ nước ngoài chuyển về Việt Nam là tiền vay, còn tiền chuyển ra nước ngoài là tiền trả nợ. Để chuyển được tiền ra nước ngoài hoặc nhận tiền từ nước ngoài chuyển về Việt Nam, bà Trương Mỹ Lan giao cho Trịnh Quang Công (Giám đốc Công ty Acumen) phối hợp với Nguyễn Phương Anh, Chiu Bing Keung Kenneth (luật sư, được bà Lan giao quản lý các công ty nước ngoài) và lãnh đạo SCB (Võ Tấn Hoàng Văn, Cheng Yi Chung, Trương Khánh Hoàng, Trần Thị Mỹ Dung, Bùi Anh Dũng,...) lập các hợp đồng “khống” mua bán cổ phần, vốn góp; tư vấn; vay nợ giữa các công ty tại Việt Nam và công ty, tổ chức ở nước ngoài.
Thông qua các hợp đồng “khống” này, tiền vay được chuyển từ nước ngoài về Việt Nam và tiền trả nợ được chuyển từ Việt Nam ra nước ngoài.
Căn cứ bản kết luận điều tra và kết quả xác minh tại SCB, lời khai các bị can và đối tượng liên quan; tài liệu, dữ liệu thu thập được và lời khai nhận của bà Trương Mỹ Lan, cơ quan điều tra có đủ căn cứ xác định, với hành vi rửa tiền, bà Trương Mỹ Lan là đối tượng chủ mưu, cầm đầu tổ chức thực hiện rửa tiền với tổng số tiền hơn 445.000 tỷ đồng, trong đó, hơn 415.000 tỷ đồng từ nguồn tiền phạm tội “Tham ô tài sản” của SCB thông qua 916 khoản vay “khống” và hơn 30.000 tỷ đồng từ nguồn tiền từ phạm tội “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”.
Cơ quan điều tra đồng thời cáo buộc bà Trương Mỹ Lan là đối tượng chủ mưu, cầm đầu chỉ đạo các bị can, đối tượng liên quan tại Tập đoàn Vạn Thịnh Phát và SCB vận chuyển trái phép tiền tệ qua biên giới số tiền hơn 4,5 tỷ USD tương đương hơn 106.000 tỷ đồng.