Theo lộ trình của bệnh viện, đến 31-3-2021, bệnh viện sẽ đưa vào hoạt động các khoa hóa trị; đến quý II năm 2021, các khoa xạ trị của bệnh viện sẽ bắt đầu vận hành và đến tháng 9-2021 toàn bộ bệnh viện sẽ hoạt động.
Theo bác sĩ Diệp Bảo Tuấn, trên tinh thần chủ đầu tư bàn giao đến đâu chúng tôi sẽ đưa vào hoạt động đến đó để người dân sớm được thụ hưởng các tiện ích của bệnh viện ung bướu hiện đại nhất Việt Nam.
Trong thời gian đầu, người bệnh có thể lựa chọn khám chữa bệnh ở cả cơ sở 1 tại quận Bình Thạnh và cơ sở 2 tại Quận 9. Tuy nhiên, bệnh nhân điều trị nội trú vẫn sẽ tiếp tục ở cơ sở 1.
Bệnh viện sẽ có xe đưa bệnh nhân từ cơ sở 2 về cơ sở 1 để nhập viện. Dự kiến, sau khi Bệnh viện Ung bướu cơ sở 2 đi vào hoạt động ổn định, cơ sở 1 sẽ được chuyển đổi công năng thành Trung tâm tầm soát ung thư và điều trị ban ngày.
Bệnh viện Ung bướu TPHCM cơ sở 2 tọa lạc tại ấp Cây Dầu, phường Tân Phú, Quận 9, khởi công từ ngày 26-6-2016 và dự kiến hoàn thành vào cuối năm 2017.
Tuy nhiên, sau nhiều lần chậm trễ, đầu tháng 10-2020 bệnh viện mới được đưa vào hoạt động. Bệnh viện có quy mô 1.000 giường bệnh được kỳ vọng sẽ giúp giảm tải cho Bệnh viện Ung bướu cơ sở 1 và phục vụ cho người dân TPHCM và các tỉnh, thành lân cận.