Theo quy định, hồ sơ bệnh án điện tử bao gồm: hồ sơ bệnh án nội trú, hồ sơ bệnh án ngoại trú và các loại hồ sơ bệnh án khác... Việc lập, sử dụng và quản lý hồ sơ bệnh án điện tử được thực hiện tại các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh đã được cấp giấy phép hoạt động theo quy định của Luật Khám bệnh, chữa bệnh.
Bộ Y tế cũng nêu rõ, nguyên tắc thực hiện bệnh án điện tử là mỗi người bệnh chỉ có một mã số quản lý, lưu trữ hồ sơ bệnh án điện tử tại một cơ sở khám bệnh, chữa bệnh. Hồ sơ bệnh án điện tử phải đáp ứng các yêu cầu như: phải ghi nhận toàn bộ nội dung thông tin như hồ sơ bệnh án giấy. Phải có chữ ký số của người chịu trách nhiệm nội dung thông tin được nhập vào hồ sơ bệnh án điện tử. Đặc biệt phải tuân thủ việc bảo vệ thông tin cá nhân theo quy định tại mục 2 chương II Luật An toàn thông tin mạng. Thời gian cập nhật hồ sơ bệnh án điện tử tối đa 12 giờ, kể từ khi có y lệnh khám bệnh, chữa bệnh. Trường hợp thời gian khám, chữa bệnh kéo dài trên 12 giờ hoặc có sự cố về công nghệ thông tin thì thời gian cập nhật hồ sơ bệnh án điện tử tối đa không quá 24 giờ. Theo đại diện Cục Công nghệ thông tin (Bộ Y tế), hồ sơ bệnh án điện tử khi hoàn thiện sẽ giúp thực hiện bệnh viện không sử dụng giấy tờ, rút ngắn thời gian làm thủ tục cho cả bệnh nhân và bác sĩ. Bệnh án điện tử cập nhật toàn diện các thông tin của bệnh nhân trong quá trình khám sẽ là kho dữ liệu thông tin sức khỏe cá nhân trong suốt cuộc đời mỗi người.
Bộ Y tế cũng quy định rõ lộ trình thực hiện hồ sơ bệnh án điện tử. Giai đoạn từ năm 2019 - 2023, các cơ sở khám chữa bệnh hạng I trở lên chủ động nâng cấp hệ thống công nghệ thông tin tại cơ sở để triển khai hồ sơ bệnh án điện tử theo quy định. Giai đoạn từ năm 2024 - 2028, tất cả cơ sở khám chữa bệnh trên toàn quốc phải triển khai hồ sơ bệnh án điện tử. Trường hợp cơ sở khám chữa bệnh chưa triển khai được phải báo cáo cơ quan quản lý trực thuộc.