Trước đó, sáng 9-1, bé Y. được tiêm phòng bằng vaccine ComBe Five tại Trạm y tế xã Cần Kiệm. Sau khi khám sàng lọc, các chỉ số cho thấy sức khỏe cháu bé bình thường nên nhân viên y tế tiến hành tiêm vaccine, đồng thời tư vấn, hướng dẫn kỹ phụ huynh cháu cách theo dõi và chăm sóc cháu sau tiêm.
Tuy nhiên, sau khi về nhà, cháu bé liên tục sốt dù gia đình cho uống thuốc hạ sốt của trạm y tế. Đến sáng hôm sau, thấy cháu đã tím tái gia đình mới đưa đến Bệnh viện Đa khoa huyện Thạch Thất để cấp cứu. Lúc này, bé đã trong tình trạng rất nguy kịch, miệng và mũi sủi bọt màu hồng. Bé Y. tử vong sau đó.