Qua công tác nắm tình hình, Cục Điều tra chống buôn lậu - Tổng cục Hải quan phát hiện lô hàng xuất khẩu phi mậu dịch cá nhân theo tờ khai số 97160037690/H21 ngày 23-3-2016 mở tại Chi cục Hải quan Cảng Sài Gòn khu vực 4 mang tên ông L.Q.H. (ngụ quận Bình Tân), hàng hóa khai báo là kệ công nghiệp bằng sắt tháo rời, hàng mới 100%, trọng lượng 22.850kg, trị giá 21.600USD, thuế suất 0%. Hàng hạ tại cảng ICD Transimex để mở tờ khai hải quan, sau đó chuyển qua Cảng Cát Lái để xuất khẩu đi Hàn Quốc. Tờ khai trên đã hoàn tất thủ tục hải quan (đã thông quan).
Kiểm tra thực tế lô hàng trên, Cục Điều tra chống buôn lậu - Tổng cục Hải quan phát hiện hàng hóa là đồng phế liệu, trọng lượng 22.710kg, thuế suất 22%. Tháng 11-2016, Cục điều tra chống buôn lậu - Tổng cục Hải quan đã ra quyết định khởi tố vụ án hình sự về tội “Buôn lậu”, chuyển hồ sơ sang Cơ quan Cảnh sát Điều tra - Công an TPHCM để điều tra theo thẩm quyền. Theo kết luận định giá tài sản, lô hàng trên trị giá gần 1,8 tỷ đồng (chưa bao gồm thuế GTGT và chi phí vận chuyển).
Mở rộng điều tra, cơ quan chức năng phát hiện trước đó ông L.Q.H. đứng tên mở 13 tờ khai hải quan khác. Tất cả những tờ khai hải quan này đều làm thủ tục thông quan tại Chi cục Hải quan Cảng Sài Gòn khu vực 4 và đã xuất khẩu hàng hóa đi nước ngoài. 13 tờ khai này ghi hàng hóa là trục máy cán thép và kệ công nghiệp bằng sắt, thuế suất 0%; nhưng thực tế là mặt hàng phế liệu đồng và phế liệu kim loại hỗn hợp, có thuế suất 22%. Kết quả xác minh cho thấy hai công chức hải quan tiến hành kiểm hóa và ký thông quan 14 tờ khai là Mai Phước Việt, Lê Bảo Thành.
Ngoài vụ án trên, Cục Điều tra chống buôn lậu - Tổng cục Hải quan cũng phát hiện bà L.T.H. đứng tên mở 7 tờ khai hải quan tại Chi cục Hải quan Cảng Sài Gòn khu vực 4. Trong đó 1 tờ khai bị tạm giữ, 6 tờ khai đã xuất khẩu. Hàng hóa khai báo trong các tờ khai là trục của máy cán thép và kệ công nghiệp bằng sắt, thuế suất 0%. Thực tế hàng hóa là phế liệu đồng và phế liệu kim loại hỗn hợp, thuế suất 22%. Tất cả 7 tờ khai này do Mai Phước Việt trực tiếp kiểm hóa, ký thông quan với sự giúp sức của Lê Bảo Thành. Lô hàng bị tạm giữ trị giá gần 1,5 tỷ đồng (chưa bao gồm thuế GTGT và chi phí vận chuyển). Cơ quan điều tra xác định hai bị can Việt, Thành có hành vi giúp sức cho chủ hàng thực hiện hành vi buôn lậu.