Việc khởi tố, bắt giam ông Vũ Mạnh Hùng nằm trong quá trình tiến hành điều tra vụ án “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”, theo Quyết định khởi tố vụ án hình sự số 40/QĐ-C01-P4 ngày 29-10-2018, xảy ra tại Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, có địa chỉ tại số 4 Tôn Thất Thuyết, phường Dịch Vọng Hậu, quận Cầu Giấy, TP Hà Nội.
Liên quan đến vụ án này, trước đó cơ quan điều tra đã khởi tố bị can đối với ông Phạm Văn Thông, nguyên Giám đốc Ban Quản lý dự án đường thủy nội địa, về cùng tội danh trên.
Theo đó, ông Phạm Văn Thông đã tự nhận của các nhà thầu hơn 4,8 tỷ đồng và chi phí cho Cục Đường thủy nội địa hơn 406 triệu đồng trong các hoạt động hội nghị, hội thảo, phòng nghỉ, ăn uống, tiếp khách...