Theo điều tra, năm 2017, thông qua mạng xã hội internet, Viên đã biết và tìm hiểu về tổ chức khủng bố “Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời” (đây là tổ chức khủng bố đã được Bộ Công an công bố) do Đào Minh Quân cầm đầu.
Sau đó, Viên làm đơn xin tham gia và trở thành thành viên của tổ chức “Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời”.
Khi trở thành thành viên của tổ chức, Viên đã nhận chỉ đạo và tự thực hiện nhiều nhiệm vụ do tổ chức giao nhằm chống phá Đảng, Nhà nước Việt Nam.
Đáng chú ý là tuyên truyền các nội dung, thông tin về tổ chức “Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời” nhằm kêu gọi, lôi kéo người dân tham gia “trưng cầu dân ý”, trở thành thành viên của tổ chức “Chính phủ quốc gia Việt Nam lâm thời”.
Mục đích nhằm thay đổi chế độ xã hội chủ nghĩa Việt Nam, xoá bỏ vai trò lãnh đạo của Đảng Cộng sản Việt Nam, ủng hộ Đào Minh Quân về Việt Nam làm Tổng thống nhằm khôi phục chế độ Việt Nam Cộng hoà.
Sau khi thu thập đầy đủ tài liệu, chứng cứ liên quan đến hành vi phạm tội của đối tượng, xét thấy Viên có tư tưởng chống đối đến cùng, cần thiết phải xử lý để đảm bảo sự nghiêm minh của pháp luật, do đó Cơ quan An ninh điều tra Công an Lâm Đồng đã ra quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can, lệnh bắt bị can để tạm giam đối với Nguyễn Đoàn Quang Viên về tội “Hoạt động nhằm lật đổ chính quyền nhân dân” quy định tại Điều 109 Bộ Luật Hình sự năm 2015.
Hiện vụ án đang được Công an tỉnh Lâm Đồng điều tra mở rộng để xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật.