Theo đó, căn cứ vào tài liệu điều tra, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an xác định các đối tượng tại Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn, cố ý không báo cáo Bộ Y tế, Bộ Tài chính về thực hiện, quyết toán hợp đồng đặt hàng, giữ lại hơn 3,8 triệu USD tiền giảm giá mua nguyên liệu có nguồn gốc từ ngân sách Nhà nước, gây thiệt hại tài sản của Nhà nước.
Ngày 3-11, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã ra quyết định thay đổi quyết định khởi tố vụ án hình sự số 06/QĐ-CSKT-P9, khởi tố vụ án hình sự "Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ" xảy ra tại Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long và các đơn vị có liên quan, đồng thời ra các quyết định tố tụng.
Quyết định khởi tố bị can, lệnh bắt bị can để tạm giam và lệnh khám xét đối với 2 đối tượng gồm: Lương Văn Hóa (cựu Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long) và Nguyễn Văn Thanh Hải, (cựu Kế toán trưởng Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long) về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" quy định tại Điều 356 Bộ luật Hình sự năm 2015.
Quyết định khởi tố bị can, lệnh cấm đi khỏi nơi cư trú và lệnh khám xét đối với Nguyễn Thanh Tòng (cựu Phó Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Dược phẩm Cửu Long) về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" quy định tại Điều 356 Bộ luật Hình sự năm 2015.
Sau khi Viện kiểm sát nhân dân tối cao phê chuẩn, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã thi hành các quyết định, lệnh trên theo đúng quy định pháp luật.
Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đang tập trung điều tra mở rộng vụ án, áp dụng các biện pháp theo luật định để làm rõ tính chất, vai trò, hành vi phạm tội của các bị can và đối tượng có liên quan; thu hồi, kê biên triệt để tài sản cho Nhà nước.