Để triển khai, kế hoạch sẽ tập trung thực hiện các nhiệm vụ như rà soát, sửa đổi, bổ sung, xây dựng hoàn thiện thể chế, chính sách; điều hòa, phân bổ, phát triển và bảo vệ tài nguyên nước và đẩy mạnh ứng dụng khoa học - công nghệ, hợp tác quốc tế.
Đối với nhiệm vụ điều hòa, phân bổ, phát triển và bảo vệ tài nguyên nước sẽ tập trung vào các giải pháp gồm: nâng cấp hệ thống giám sát khai thác, sử dụng tài nguyên nước phục vụ kiểm soát hoạt động khai thác, sử dụng nước trên lưu vực sông Cửu Long. Về xây dựng phương án điều hòa, phân bổ nguồn nước trong trường hợp hạn hán, thiếu nước: xây dựng kịch bản nguồn nước; phối hợp các bộ, ngành, địa phương trên lưu vực xây dựng phương án sử dụng nguồn nước hiện có để có phương án điều hòa, phân bổ nguồn nước trong trường hợp hạn hán, thiếu nước trên lưu vực sông Cửu Long. Về tăng cường giải pháp bảo vệ tài nguyên nước, phòng chống suy thoái, cạn kiệt, ô nhiễm nguồn nước, tác hại do nước gây ra và phòng chống sạt lở lòng, bờ, bãi sông: tổ chức đánh giá khả năng tiếp nhận nước thải, sức chịu tải của nguồn nước liên quốc gia, liên tỉnh, ưu tiên các sông chảy qua khu đô thị, khu dân cư tập trung trên lưu vực sông Cửu Long.
