Theo Bộ GTVT, có nhiều yếu tố tác động như GPMB (động thổ vào tháng 4-2010 và đến cuối tháng 4-2015 mới có mặt bằng sạch), việc khảo sát để thiết kế, quy trình thủ tục giữa Việt Nam và Trung Quốc có sự khác biệt nên thời gian thực hiện dự án đã bị kéo dài. Trên cơ sở cam kết của Tổng thầu là Công ty Hữu hạn Tập đoàn Cục 6 đường sắt Trung Quốc, Bộ GTVT đã báo cáo và được sự đồng ý của Chính phủ điều chỉnh thời gian dự án hoàn thành là trong quý IV-2018, vận hành chạy thử đến hết 31-3-2019.
Tuy nhiên, hiện dự án vẫn chưa thể hoàn thành và khai thác thương mại theo kế hoạch. Hiện dự án chỉ còn 1% khối lượng công việc nhưng rất phức tạp, liên quan đến hoàn chỉnh hồ sơ, thủ tục theo quy định. Đến thời điểm này, đơn vị tư vấn độc lập đánh giá an toàn hệ thống (Công ty Tư vấn ACT của Pháp) vẫn chưa có đủ cơ sở xác định mức độ an toàn của toàn hệ thống và chưa đủ điều kiện để cấp chứng nhận an toàn theo quy định.
Thứ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Ngọc Đông cho biết, từ tháng 4-2019 đến nay, Bộ trưởng Bộ GTVT đã gặp và làm việc trực tiếp với lãnh đạo cấp cao của Tổng thầu, các cơ quan ngoại giao phía Trung Quốc trong đó có Đại sứ quán Trung Quốc tại Việt Nam để đôn đốc Tổng thầu khẩn trương hoàn thiện các vấn đề tồn đọng.
Thủ tướng Chính phủ cũng đã giao Bộ GTVT chủ động xử lý dứt điểm những khó khăn vướng mắc của dự án theo thẩm quyền hoặc đề xuất cấp có thẩm quyền giải quyết. Tuy nhiên quá trình làm việc của Bộ GTVT với Tổng thầu chưa đạt được kết quả, đặc biệt là công tác tập hợp hồ sơ của Tổng thầu chưa đáp ứng yêu cầu. Mới đây, Tổng thầu có dự kiến tiến độ hoàn thành nhưng theo đánh giá của Bộ GTVT là chưa khả thi. Bộ GTVT đang yêu cầu Tổng thầu khẩn trương lập kế hoạch chi tiết cụ thể đối với từng hạng mục còn lại để xác định thời gian hoàn thành dự án sớm nhất. Sau khi xem xét mốc tiến độ mới khả thi, Bộ GTVT sẽ công bố cho các cơ quan báo chí.
Bộ GTVT cũng cho biết, trên các phương tiện thông tin đại chúng gần đây có thông tin về kết luận của Kiểm toán Nhà nước (KTNN) khi tiến hành kiểm toán dự án từ tháng 9-2018 đến tháng 11-2018. Tuy nhiên do tính chất của dự án và các điều kiện khách quan như quy định của Việt Nam về hợp đồng trọn gói EPC khác biệt với thông lệ quốc tế; chậm trễ trong công tác GPMB dẫn đến không thể thực hiện hoàn thành công tác khảo sát thiết kế, lập tổng dự toán để làm cơ sở xác định giá trị trọn gói ngay từ đầu... Từ khi khởi công dự án đến cuối năm 2015, chủ đầu tư phải thực hiện hình thức duyệt, tạm duyệt dự toán để có cơ sở cho việc thực hiện một số hạng mục xây lắp và để tạm thanh toán giá trị khối lượng cho Tổng thầu để thúc đẩy tiến độ dự án trong giai đoạn này.
Bên cạnh đó, do quy định của Việt Nam và Trung Quốc có nhiều khác biệt, văn bản hướng dẫn áp dụng chính sách chậm ban hành, dẫn đến quá trình thực hiện còn có sai sót. Bộ GTVT đã có báo cáo, giải trình với KTNN và sẽ nghiêm túc thực hiện các kết luận mà KTNN đã nêu ra, đồng thời sẽ tổng hợp, báo cáo Thủ tướng Chính phủ các nội dung vượt thẩm quyền.
Bộ GTVT cho biết đã và đang rà soát, xác định trách nhiệm các tập thể, cá nhân có liên quan đến các nội dung theo kiến nghị kiểm toán và tiếp tục thực hiện công tác kiểm điểm, xử lý trách nhiệm các cá nhân, tập thể có liên quan.
