Mục tiêu chung của chương trình là phát triển hệ thống bảo đảm và kiểm định chất lượng giáo dục đại học và cao đẳng sư phạm Việt Nam đáp ứng yêu cầu đổi mới căn bản, toàn diện giáo dục và đào tạo, đáp ứng khung bảo đảm chất lượng ASEAN, góp phần quan trọng thúc đẩy tự chủ giáo dục đại học, nâng cao chất lượng giáo dục đại học và cao đẳng sư phạm.
Giai đoạn 2022-2025, hệ thống bảo đảm chất lượng bên trong các cơ sở giáo dục đại học và cao đẳng sư phạm (cơ sở đào tạo) được cơ bản hoàn thành; năng lực hệ thống kiểm định chất lượng giáo dục đại học và cao đẳng sư phạm được nâng cao. 100% cơ sở đào tạo hoàn thành hệ thống bảo đảm chất lượng bên trong với mục tiêu, chính sách, nguồn lực, nhiệm vụ, kế hoạch, các quy trình bảo đảm chất lượng và hệ thống thông tin bảo đảm chất lượng được xác định rõ ràng phù hợp với sứ mạng, mục tiêu và điều kiện thực tế của cơ sở đào tạo trong từng giai đoạn trên cơ sở các bộ tiêu chuẩn đánh giá chất lượng trong nước và nước ngoài; 70% cơ sở đào tạo đạt tiêu chuẩn chất lượng chu kỳ kiểm định lần thứ hai…
Mục tiêu giai đoạn 2026-2030, 100% cơ sở đào tạo phát triển hệ thống đảm chất lượng bên trong để thực thi hiệu quả mục tiêu chiến lược và văn hóa chất lượng của cơ sở đào tạo; 100% các tổ chức kiểm định chất lượng giáo dục trong nước tự đánh giá theo khung tiêu chuẩn đánh giá của khu vực ASEAN, trong đó 20% đạt theo tiêu chuẩn đánh giá của tổ chức bảo đảm chất lượng quốc tế.