Kết luận cuộc họp, Thủ tướng yêu cầu ngành GTVT phải chủ động hơn nữa, tập trung hơn nữa trong việc giải quyết các thủ tục, vướng mắc; tập trung chỉ đạo hoàn thành tốt các dự án, chương trình, nhất là hệ thống đường bộ cao tốc, sân bay và các lĩnh vực khác. Ngành GTVT, các đơn vị trực thuộc Bộ GTVT phải tổ chức công việc theo đúng chức năng, nhiệm vụ mà pháp luật quy định, đơn vị nào không hoàn thành cần xử lý nghiêm. Thủ tướng cũng cho rằng, có sự trì trệ trong xử lý một số lĩnh vực, vì vậy Bộ GTVT cần phân công trách nhiệm rõ ràng hơn, giao công việc có thời hạn rõ hơn, tìm ra nguyên nhân chậm trễ để khắc phục. Cần phân biệt việc gì Nhà nước làm, việc gì xã hội hóa để phát huy nguồn lực tổng hợp, phát triển ngành GTVT.
Về các kiến nghị của Bộ GTVT đối với một số dự án, vấn đề cụ thể, Thủ tướng nhắc lại yêu cầu bảo đảm đúng tiến độ với dự án cao tốc Trung Lương - Mỹ Thuận: cơ bản thông xe vào năm 2020 và khánh thành vào năm 2021. Về vấn đề khai thác bay của các cảng hàng không, Thủ tướng nhấn mạnh yêu cầu bảo đảm hoạt động bình thường, an toàn ở tất cả các sân bay; chủ động khắc phục những bất cập hiện nay ở các sân bay lớn. Bộ GTVT chỉ đạo các đơn vị có liên quan bảo đảm hoạt động bình thường của 2 sân bay Tân Sơn Nhất và Nội Bài, không để xảy ra vấn đề ảnh hưởng đến an toàn bay. Với việc quá tải tại sân bay Tân Sơn Nhất, Thủ tướng yêu cầu phải thường xuyên chỉ đạo xử lý. Bộ GTVT cần công khai, minh bạch các dự án đầu tư trong hạ tầng hàng không; dự án nào Nhà nước làm, dự án nào xã hội hóa để có kế hoạch triển khai và huy động nguồn lực hiệu quả hơn.
Về vướng mắc trong triển khai dự án đường sắt đô thị tại Hà Nội, do Bộ GTVT quản lý, Thủ tướng yêu cầu Bộ GTVT thúc đẩy giải quyết, chủ trì xử lý những vấn đề đặt ra, đồng thời nhấn mạnh việc sớm đưa tuyến đường sắt Cát Linh - Hà Đông vào hoạt động. Các tuyến đường sắt đô thị còn lại ở Hà Nội và TPHCM, Bộ GTVT rà soát lại, chủ trì giải quyết vấn đề về tiến độ, kịp thời báo cáo Chính phủ, Thủ tướng về hệ thống các tuyến đường sắt này. Về triển khai hệ thống thu phí không dừng, Thủ tướng yêu cầu, chậm nhất đến ngày 31-12-2019, các trạm BOT phải triển khai.