Theo Bộ GTVT, nguyên nhân chậm tiến độ là do việc đầu tư hệ thống thu phí tự động không dừng tại các dự án cao tốc do Tổng Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam quản lý được thực hiện theo phương án sử dụng nguồn vốn của dự án để đầu tư, vận hành, sau đó kết nối với trung tâm dữ liệu thuộc dự án thu phí tự động không dừng giai đoạn 1 do Bộ GTVT đang triển khai.
Hiện nguồn vốn đầu tư của các dự án không còn nên Tổng Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam đề xuất phương án thuê đơn vị cung cấp thiết bị thu phí không dừng tại trạm và sử dụng chi phí quản lý thu phí để trả chi phí.
Để đảm bảo tiến độ hệ thống thu phí tự động không dừng, Bộ GTVT kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Ủy ban Quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp đôn đốc, chỉ đạo Tổng Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam chịu trách nhiệm triển khai hệ thống thu phí tự động không dừng tại các dự án của Tổng Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam quản lý, bao gồm việc ký hợp đồng dịch vụ với nhà cung cấp dịch vụ do Bộ GTVT lựa chọn để đảm bảo kết nối liên thông với hệ thống do Bộ GTVT đang triển khai.
Đồng thời, có giải pháp xử lý nghiêm trường hợp Tổng Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam triển khai không đảm bảo tiến độ yêu cầu.