Một là việc xử lý nghĩa vụ của ngân sách Nhà nước (NSNN) đối với quỹ bảo hiểm xã hội (BHXH) liên quan đến khoản đóng góp BHXH cho người lao động làm việc trong khu vực nhà nước trước 1-1-1995. Khoản tiền này là 22.090 tỷ đồng.
Ngày 16-12-2015, Ủy ban Thường vụ Quốc hội đã có nghị quyết giao Chính phủ thực hiện chuyển kinh phí từ ngân sách hàng năm vào Quỹ để đóng khoản này. Nhưng trong dự toán ngân sách năm 2016-2017 chưa bố trí để xử lý khoản nợ 22.090 tỷ đồng nêu trên, vì hiện nay hàng năm Quỹ BHXH đều có kết dư; nếu ngân sách bố trí chuyển 22.090 tỷ đồng vào Quỹ thì cũng được BHXH Việt Nam sử dụng để đầu tư mua trái phiếu Chính phủ.
Tuy nhiên, để xử lý dứt điểm vấn đề này, Chính phủ trình Quốc hội cho phép phát hành 22.090 tỷ đồng trái phiếu Chính phủ để nhận nợ với BHXH Việt Nam. Trong đó năm 2018 khoảng 6.000 tỷ đồng, năm 2019 khoảng 7.000 tỷ đồng và năm 2020 khoảng 9.090 tỷ đồng
Về lãi phát sinh đối với khoản nợ Quỹ BHXH nêu trên từ ngày 1-1-2016, Chính phủ trình Quốc hội giao Chính phủ tính toán cụ thể gắn với lộ trình, mức lãi suất phát hành trái phiếu Chính phủ nhận nợ chính thức với BHXH Việt Nam và sẽ được cộng dồn vào cuối kỳ (năm 2020) để thanh toán, hoặc phát hành trái phiếu Chính phủ bổ sung để nhận nợ với BHXH Việt Nam.
Bên cạnh đó, Chính phủ cũng đề nghị Quốc hội ban hành nghị quyết cho phép thực hiện phân chia nguồn thu cấp quyền khai thác tài nguyên nước phát sinh 4 tháng cuối năm 2017 tương tự như nguyên tắc phân chia số thu phát sinh trong dự toán NSNN năm 2018 Quốc hội đã quyết định.
Nguyên nhân là do số thu cấp quyền khai thác tài nguyên nước năm 2017 là khoản thu mới phát sinh 4 tháng cuối năm, chưa được tính trong dự toán NSNN năm 2017. Vì vậy, việc phân chia nguồn thu này theo nguyên tắc trường hợp giấy phép do cơ quan trung ương cấp thì phân chia 70% số thu cho ngân sách Trung ương, 30% cho ngân sách địa phương; giấy phép do UBND cấp tỉnh cấp thì phân chia 100% cho ngân sách địa phương vừa là căn cứ pháp lý thực hiện phân chia số thu phát sinh trong năm 2017, vừa góp phần thực hiện tốt hơn nhiệm vụ thu cân đối ngân sách các địa phương.