Theo đó, từ năm 1994, Ban quản lý khu bảo tồn đã ký 368 hợp đồng khoán bảo vệ và trồng phục hồi rừng cho các tổ chức, cá nhân với tổng diện tích hơn 3.231ha. Tuy nhiên, qua thanh tra phát hiện nhiều vi phạm như: giao khoán cho 9 tổ chức, 73 cá nhân với tổng diện tích hơn 1.000ha không đúng đối tượng, 48 trường hợp vi phạm hợp đồng khoán nhưng chỉ xử phạt 7 trường hợp, còn lại chưa được xử lý.
Đặc biệt, 6 tổ chức, 8 cá nhân sau khi nhận khoán đã có hành vi xây dựng trái phép hoặc để cho các đối tượng bên ngoài vào lấn chiếm, xây dựng trái phép. Cơ quan chức năng cũng phát hiện trong phần giao khoán cho ông Đặng Thanh Minh, nguyên Chủ tịch HĐND huyện Xuyên Mộc, có diện tích hơn 5.900m2 bị bỏ ra ngoài tường rào dẫn đến bị lấn chiếm, xây dựng trái phép...