Theo Hiệp hội TMĐT Việt Nam, việc quản lý thuế đối với các cá nhân bán hàng nhỏ lẻ trên sàn gặp nhiều khó khăn. Không phải ai cũng có khả năng tự kê khai thuế đúng và đủ. Số lượng người bán hàng quá nhiều (156.000 cá nhân và hộ kinh doanh - chỉ tính trên 5 sàn TMĐT lớn ở Việt Nam, trung bình mỗi tháng có hơn 350.000 cửa hàng, gian hàng được mở) khiến việc giám sát và đảm bảo nộp đủ thuế không đơn giản, nhất là với những giao dịch không có hóa đơn hoặc các khoản thu nhập nhỏ lẻ, khó theo dõi. Từ đó, Hiệp hội TMĐT Việt Nam cho rằng, việc yêu cầu các sàn TMĐT tự kê khai và nộp thuế thay cho 156.000 cá nhân và hộ kinh doanh là đang dẫn đến tình trạng phân bổ trách nhiệm quá lớn lên vai các sàn TMĐT, vượt quá khả năng của họ. Điều này còn làm tăng chi phí quản lý cho các sàn TMĐT.
Trái với lập luận này, đại diện Tổng cục Thuế lại chỉ ra rằng, với 156.000 cá nhân và hộ kinh doanh cần phải quản lý, nếu để cơ quan thuế trực tiếp thu sẽ tạo ra gánh nặng lớn cho ngành thuế. Trong khi đó, số sàn TMĐT chỉ có hơn 400, nếu các sàn này tự kê khai và nộp thuế thay, việc quản lý thuế sẽ dễ dàng, hiệu quả hơn. Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế cũng nhấn mạnh, một số sàn TMĐT tại Việt Nam đã thực hiện trách nhiệm kê khai thuế thay cho người bán.
Nhìn từ góc độ khách quan, bên nào cũng có lý lẽ đúng. Nếu để các sàn TMĐT kê khai và nộp thuế thay thì họ có thể kiểm soát tốt lượng giao dịch, doanh thu của người bán hơn, giảm gánh nặng cho cơ quan thuế (thay vì phải quản lý hàng trăm ngàn người bán nhỏ lẻ, cơ quan thuế có thể dễ dàng làm việc với các sàn TMĐT). Nhưng cách làm này lại tăng chi phí cho các sàn TMĐT. Cho nên, cần một cơ chế hài hòa giữa lợi ích của các bên. Có thể, thay vì giao toàn bộ trách nhiệm cho các sàn TMĐT, cơ quan thuế cần phối hợp chặt chẽ với các sàn này để xây dựng hệ thống khai báo, thu thuế hiệu quả.
Mặc dù Hiệp hội TMĐT Việt Nam cho rằng các sàn TMĐT khó kê khai do thiếu thông tin và nhân lực, nhưng thực tế, các sàn lớn như Shopee, Lazada đã có hệ thống quản lý dữ liệu giao dịch rất chặt chẽ. Các sàn này đã thu phí giao dịch từ người bán, nên việc bổ sung quy trình thu thuế không phải là quá khó, nếu có sự đầu tư đúng mức vào công nghệ và quản lý. Cơ chế hợp tác giữa cơ quan thuế và các sàn TMĐT là giải pháp trung hòa, trong đó các sàn hỗ trợ thu thập thông tin, còn cơ quan thuế chịu trách nhiệm kiểm tra, đối chiếu. Điều này cũng phù hợp với gợi ý từ các tổ chức quốc tế như OECD, IMF và WB về việc tại nhiều quốc gia đang giao trách nhiệm thu thuế cho các nền tảng TMĐT. Chẳng hạn, mô hình hợp tác này đã được triển khai hiệu quả tại Singapore, Liên minh châu Âu (yêu cầu các sàn TMĐT phải thu thập, báo cáo thông tin thuế từ người bán và thực hiện nghĩa vụ nộp thuế thay). Cùng với đó, cần có chương trình hỗ trợ kỹ thuật và hướng dẫn rõ ràng cho các hộ kinh doanh nhỏ lẻ, đảm bảo họ hiểu rõ nghĩa vụ và quy trình thuế, tránh tình trạng trốn thuế hoặc khai báo sai.
