Các bị cáo bị đề nghị truy tố các tội: lừa đảo chiếm đoạt tài sản; lạm dụng chức vụ, quyền hạn chiếm đoạt tài sản; vận chuyển trái phép tiền tệ qua biên giới; sản xuất hàng giả; buôn lậu; nhận hối lộ; vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí…
Trong số các bị cáo bị truy tố có nhiều cựu lãnh đạo, cán bộ của Cục Thuế TPHCM như: Nguyễn Thị Bích Hạnh (cựu Phó Cục trưởng Cục Thuế TPHCM); Phạm Minh Tuấn (cựu Trưởng phòng Kê khai kế toán thuế); Cao Văn Tỵ (cựu Trưởng phòng Thanh tra kiểm tra thuế số 5); Nguyễn Xuân Thắng (cựu Trưởng phòng Kiểm tra nội bộ); Đào Thị Nga (cán bộ Chi Cục thuế quận 1), Nguyễn Phương Nam (cán bộ Chi Cục thuế quận 3); Ngô Huỳnh Lũy (cán bộ Chi Cục thuế quận 5)…
Trong số các bị cáo còn có cán bộ công chức thuộc hải quan của Đội Thủ tục hàng hóa nhập khẩu, Đội Giám sát kiểm soát hải quan (thuộc Chi cục Hải quan cửa khẩu Cảng Sài Gòn khu vực I); Chi cục kiểm tra sau thông quan, Chi cục Hải quan Chuyển phát nhanh cùng thuộc Cục Hải quan TPHCM gồm: Phạm Duy Bình, Hoàng Trung Kiên, Nguyễn Duy Linh, Trần Văn Thành, Nguyễn Lê Hùng, Lê Hoàng Hải và Bùi Hữu Trên.
HĐXX xác định Cục thuế TPHCM, Thuduc House là bị hại và đã triệu tập đại diện 2 cơ quan này tham gia phiên tòa. Đồng thời, triệu tập Hội đồng định giá trong tố tụng hình sự TPHCM, gần 250 người có quyền và nghĩa vụ liên quan, 55 luật sư tham gia phiên xét xử.
Cáo trạng thể hiện, từ năm 2017 đến năm 2019, Trịnh Tiến Dũng (sinh năm 1974, được xác định là người cầm đầu, đang bị truy nã) chỉ đạo các đồng phạm thành lập nhiều doanh nghiệp ở Việt Nam và nước ngoài để lập hồ sơ xuất nhập khẩu hàng hóa.
Sau khi làm thủ tục xuất khẩu linh kiện điện tử đi Mỹ, Campuchia, UAE, Singapore, thông qua các đầu mối trung gian, Dũng cho tổ chức lập hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng để chiếm đoạt tiền của Nhà nước. Dũng chỉ đạo cấp dưới móc nối với cán bộ, lãnh đạo Thuduc House để lập, ký 334 hợp đồng kinh tế với 8 công ty nước ngoài.
Thuduc House sau đó lập nhiều bộ hồ sơ gửi Cục Thuế TPHCM đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng. Sau đó, Cục Thuế TPHCM ban hành 17 quyết định hoàn thuế cho Thuduc House với tổng số tiền hơn 365 tỷ đồng.
Thời điểm đó, bị cáo Nguyễn Thị Bích Hạnh là Phó Cục trưởng Cục thuế TPHCM được báo cáo các dấu hiệu rủi ro về thuế nhưng không chỉ đạo các bộ phận xác minh, không chỉ đạo trao đổi giải quyết giữa các bộ phận khi chưa có ý kiến thống nhất, bỏ qua các dấu hiệu rủi ro mà cán bộ lãnh đạo cấp dưới đã trình; không chỉ đạo kiểm tra, thanh tra kịp thời, không chờ kết luận thanh tra, kiểm tra để quyết định hoàn thuế…
Hạnh được xác định đã trực tiếp ký duyệt 15 quyết định hoàn thuế cho Thuduc House gây thất thoát số tiền hơn 331 tỷ đồng. Quá trình điều tra, Hạnh thừa nhận đã thiếu sót, không thực hiện đúng các quy định quy trình thủ tục giải quyết hồ sơ hoàn thuế.
Đối với các bị cáo còn lại thuộc Cục thuế TPHCM được xác định không tuân thủ quy định của pháp luật về quản lý thuế, quy trình trong việc xét duyệt, thẩm định hoàn thuế GTGT. Nhóm cán bộ này còn không đối chiếu số liệu, không báo cáo dấu hiệu bất thường trong các bộ hồ sơ, không tổ chức thanh tra để phát hiện sai phạm. Các hành vi này dẫn đến việc hoàn thuế không đúng, gây thất thoát cho Nhà nước hơn 365 tỷ đồng.
