Chương trình Tây Nam bộ do ĐH Quốc gia TPHCM và Viện Hàn lâm Khoa học xã hội Việt Nam đồng chủ trì, thực hiện 3 mục tiêu cơ bản: cung cấp các luận cứ khoa học cho việc hoạch định và thực hiện chiến lược, chính sách phát triển bền vững vùng đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2050; đề xuất giải pháp khoa học và công nghệ (KHCN) liên ngành để thúc đẩy liên kết nội vùng và liên kết vùng trong phát triển bền vững; triển khai có hiệu quả các giải pháp KHCN phục vụ phát triển kinh tế - xã hội vùng.
Kết quả trong giai đoạn 2014-2020, chương trình đã chi hơn 318 tỷ đồng để triển khai thực hiện 62 nhiệm vụ KHCN cho 13 tỉnh ĐBSCL. Trong đó, 21 nhiệm vụ thuộc lĩnh vực khoa học xã hội và nhân văn và phát triển bền vững, 41 nhiệm vụ thuộc lĩnh vực khoa học tự nhiên, KHCN và môi trường.
Nhìn chung, chương trình đạt 100% các nhiệm vụ có triển khai tại nhiều địa phương và sản phẩm là các kiến nghị cụ thể gắn với tình hình của địa phương, vùng thực tế tại Tây Nam bộ, có 21 nhiệm vụ công bố trong nước và quốc tế (đạt 100%), 19/21 nhiệm vụ đào tạo trình độ thạc sĩ, hỗ trợ đào tạo tiến sĩ (đạt 90, 47%).