Trong đó, cơ sở 1 (153 Nguyễn Chí Thanh, quận 5) sẽ tuyển 245 chỉ tiêu ở hệ chuyên và 145 chỉ tiêu cho hệ không chuyên.
Các lớp chuyên gồm có: chuyên Toán, chuyên Tin học, chuyên Vật lý, chuyên Hóa học, chuyên Sinh học, chuyên tiếng Anh và chuyên Ngữ văn. Mỗi lớp tuyển không quá 35 học sinh.
Riêng với cơ sở 2 (Khu đô thị Đại học quốc gia TPHCM), trường tuyển 210 chỉ tiêu cho hệ chuyên gồm 6 lớp: chuyên Toán, chuyên Vật lý, chuyên Hóa học, chuyên Sinh học, chuyên tiếng Anh và chuyên Ngữ văn.
Thí sinh tham dự kỳ thi tuyển sinh vào lớp 10 Trường Phổ thông Năng khiếu năm học 2020-2021Học sinh muốn đăng ký tham gia thi tuyển phải có đủ 2 điểu kiện: xếp loại hạnh kiểm và học lực cả năm học của các lớp ở bậc THCS từ khá trở lên, xếp loại tốt nghiệp THCS từ khá trở lên.
Năm học 2021-2022, Trường Phổ thông năng khiếu tổ chức một kỳ thi tuyển sinh chung cho cả hai cơ sở với 10 môn thi, 3 môn không chuyên (Toán, Ngữ văn và tiếng Anh) và 7 môn chuyên (Toán, Tin học, Vật lý, Hoá học, Sinh học, Ngữ văn, tiếng Anh).
Điều kiện xét tuyển là thí sinh phải dự thi đủ 4 môn, 3 môn không chuyên và một môn chuyên do thí sinh lựa chọn. Điểm các bài thi không chuyên tính hệ số 1, bài thi môn chuyên tính hệ số 2. Thí sinh có thể đăng ký dự thi nhiều hơn một môn chuyên. Nếu trúng tuyển vào nhiều lớp chuyên, thí sinh sẽ được lựa chọn theo nguyện vọng.
Thí sinh thi tuyển vào các lớp chuyên Tin học, Vật lý hoặc Sinh học ngoài việc dự thi môn chuyên tương ứng có thể đăng ký dự thi môn Toán chuyên và sử dụng điểm Toán chuyên để được xét tuyển bổ sung vào 3 lớp chuyên này.
