Theo đó, trong báo cáo, TP Hà Nội đề xuất giữ lại một số sở và cơ quan tương đương bởi yếu tố đặc thù. Cụ thể, phương án sắp xếp, tinh gọn bộ máy với các sở, cơ quan tương đương và đơn vị sự nghiệp thuộc UBND TP Hà Nội thì TP Hà Nội đề xuất tiếp tục duy trì 10 sở và tương đương, gồm: Văn phòng UBND thành phố, Thanh tra thành phố, Sở Tư pháp, Sở VH-TT, Sở GTVT, Sở Xây dựng, Sở Quy hoạch - Kiến trúc, Sở Du lịch, Sở Ngoại vụ, Trung tâm Phục vụ hành chính công thành phố.
Trong số này có 4 sở duy trì theo định hướng của Ban Chỉ đạo Trung ương, gồm: Văn phòng UBND TP Hà Nội, Thanh tra thành phố, Sở Tư pháp, Sở VH-TT. Đối với 5 sở, gồm: GTVT, Xây dựng, Quy hoạch - Kiến trúc, Du lịch, Ngoại vụ được giữ lại bởi có yếu tố đặc thù của Thủ đô, cần thiết phải duy trì theo nội dung đánh giá. Cơ quan tương đương sở (không nằm trong cơ cấu 15 sở theo định hướng của trung ương) được giữ lại là Trung tâm Phục vụ hành chính công (đơn vị đang thực hiện thí điểm theo chỉ đạo của Chính phủ).
Cùng với đó, TP Hà Nội sẽ tiến hành sắp xếp, hợp nhất một số sở theo chủ trương của Trung ương. Cụ thể, Sở Kế hoạch và Đầu tư hợp nhất với Sở Tài chính thành Sở Kinh tế - Tài chính; Sở Tài nguyên và Môi trường với Sở Nông nghiệp thành Sở Nông nghiệp và Môi trường; Sở Thông tin và Truyền thông với Sở Khoa học và Công nghệ thành Sở Khoa học, Công nghệ và Truyền thông; Sở Lao động Thương binh và Xã hội với Sở Nội vụ thành Sở Nội vụ và Lao động.
Đồng thời, TP Hà Nội dự kiến không duy trì Ban Dân tộc trực thuộc UBND TP Hà Nội mà chuyển chức năng, nhiệm vụ, tổ chức bộ máy và biên chế của ban này về Sở Nội vụ và thực hiện kiện toàn tổ chức bộ máy bên trong cho phù hợp.
Hà Nội cũng đề xuất hợp nhất Ban Quản lý các khu công nghiệp và chế xuất và Ban Quản lý khu công nghệ cao Hòa Lạc; giải thể Trung tâm Xúc tiến đầu tư, thương mại, du lịch Hà Nội, chuyển chức năng, nhiệm vụ về các cơ quan có liên quan.
