Để thực hiện việc chuyển giao này, UBND TP Hà Nội giao UBND các quận, huyện, thị xã chủ trì, phối hợp với Sở Nội vụ, Sở Y tế Hà Nội và các cơ quan, đơn vị có liên quan triển khai các nội dung tiếp nhận nguyên trạng các trung tâm y tế...
Sau khi các trung tâm y tế được chuyển giao về quận, huyện, thị xã, Sở Y tế Hà Nội có nhiệm vụ chủ trì, hướng dẫn, giám sát, kiểm tra trung tâm y tế về chuyên môn, nghiệp vụ; cấp phép hoạt động khám chữa bệnh, phê duyệt danh mục chuyên môn kỹ thuật.