Trong quá trình thực hiện công trình, chủ biên Trần Bạch Đằng đã đi xa, trước khi bộ Lịch sử Nam Bộ kháng chiến hoàn thành hơn 2 năm (2006); Chủ tịch Hội đồng chỉ đạo biên soạn công trình Võ Văn Kiệt cũng qua đời sau đó 1 năm (2007). Các anh chị em trong Ban biên soạn nối tiếp tinh thần của các đồng chí lãnh đạo biên soạn Võ Văn Kiệt và Trần Bạch Đằng, đã hoàn thành bộ sách, được Hội đồng nghiệm thu cấp nhà nước đánh giá đạt chất lượng xuất sắc. Công trình được Hội đồng chỉ đạo xuất bản Trung ương quyết định công bố năm 2010, được nhận Giải thưởng khoa học Trần Văn Giàu (2 lần, năm 2006 và 2008) và Giải thưởng sách hay năm 2012 của Hội đồng giải thưởng sách Việt Nam (Bộ TT-TT).
Đồng chí Nguyễn Trọng Xuất cùng bộ Lịch sử Nam Bộ kháng chiến Vừa qua, một số người Mỹ đã cố gắng làm một bộ phim 10 tập về Cuộc chiến tranh Việt Nam (The Vietnam War-2017 - của các nhà làm phim Ken Burns và Lynn Novick), với chủ đề “xem lại lịch sử” nhằm biện minh tội ác xâm lược của nước Mỹ. Chuyện “tự biện minh” này theo cách nhìn lệch lạc chắc không gì phải bàn. Tuy nhiên, điều đáng nói hiện nay là ngay trong nước lại xuất hiện một số người có xu hướng đòi “viết lại lịch sử”. Một số người tung ra luận điểm: “Tư tưởng Phan Châu Trinh cao hơn tư tưởng Hồ Chí Minh” (?). Luận điểm đó (của nhóm Nguyên Ngọc, Chủ tịch “Quỹ văn hóa Phan Châu Trinh”, nay đã ngưng hoạt động) chính là nhằm chống lại chủ nghĩa Mác - Lênin, mà họ gọi là “cách mạng bạo lực”. Từ quan điểm lệch lạc đó, một số người muốn phủ nhận sự lãnh đạo của Đảng Cộng sản Việt Nam trong cuộc kháng chiến thần thánh chống xâm lược. Thậm chí có người còn cho rằng, Việt Nam “nên học Mỹ” (!?), xem lại lịch sử của mình để chỉ ra sự sai lầm trong việc chọn con đường cách mạng bạo lực. Thực chất luận điểm này đã đánh đồng “kẻ gây chiến tranh xâm lược” với cả một dân tộc buộc phải cầm vũ khí để chống lại cuộc chiến tranh xâm lược. Nói cách khác, đó là sự đánh tráo khái niệm mà thâm ý là biện minh cho tội ác của thực dân đế quốc đối với đất nước và dân tộc ta, là sự phản bội trắng trợn công lao kháng chiến của dân tộc…
Kỷ niệm 10 năm xuất bản bộ Lịch sử Nam Bộ kháng chiến là dịp chúng ta khẳng định những vấn đề cơ bản trong nguyên tắc nghiên cứu sử học, đồng thời tiếp tục mở rộng những vấn đề mà Lịch sử Nam Bộ kháng chiến khơi gợi cho những nhà khoa học, những vấn đề chủ yếu mà cho đến nay, nhân dân đòi hỏi chúng ta tiếp tục đi sâu khám phá. Đó là:
Chúng ta cần tiếp tục khẳng định, bằng những sự kiện hiển nhiên, tính chính nghĩa của cuộc chiến tranh giải phóng dân tộc mà nhân dân ta liên tục tiến hành trong hơn một thế kỷ (từ 1859-1975): Qua nhiều thời kỳ, ngọn cờ khởi nghĩa chống xâm lược có thể mang màu sắc văn thân, sĩ phu, cần vương… hay nhân sĩ, trí thức (và sau này dưới ngọn cờ của Đảng của giai cấp công nhân), nhưng khát vọng độc lập dân tộc, sống tự do, hạnh phúc của nhân dân Việt Nam chỉ là một!
Chúng ta tiếp tục nghiên cứu để bảo đảm tính trung thực, trên quan điểm khoa học khách quan, khi thể hiện các sự kiện lịch sử đúng với bản chất của nó.
Chúng ta tiếp tục phân tích sâu thêm nội hàm chính trị, yếu tố căn bản quyết định kết cục cuộc kháng chiến, kết hợp nhuần nhuyễn với yếu tố quân sự, “nhân tố quyết định trực tiếp thắng lợi của kháng chiến”; yếu tố chính trị và vũ trang phối hợp linh hoạt trên 3 vùng chiến lược: nông thôn đồng bằng, rừng núi và nhất là đô thị. Các yếu tố cơ bản đó, vừa thể hiện tinh thần tiến công cách mạng, vừa là đường lối chính trị - vũ trang rất bản lĩnh, trí tuệ của “chiến tranh nhân dân”, được nhân dân Việt Nam dũng cảm thực hiện, được nhân dân tiến bộ khắp thế giới ủng hộ: “Việt Nam là lương tâm của loài người” (theo đánh giá của Jean Paul Sartre, nhà triết học Pháp), trong đó có nhân dân Mỹ, của nhiều nhà sử học, trí thức tiến bộ Mỹ, như Gabriel Kolko, David Marr, Noam Chomsky, George McTurnan Kahin, Michael Maclear, Stanley Karnow, Marilyn Young, Mark Bradley, Nick Turse…, một điều kỳ diệu mà không một cuộc kháng chiến nào trên thế giới làm được.
