Vị giáo sư cho rằng cách ghi như hiện nay còn có nhiều bất hợp lý và đề xuất một cách ghi khác. Nếu đề xuất này được áp dụng, chúng ta phải mặc nhiên loại bỏ 3 phụ âm được ghi từ trước đến nay là TR, S, R, và như vậy sẽ không phân biệt trà với chà, sa với xa, ra với da nữa. Quả thực, rất nhiều người Hà Nội phát âm “trời sáng rực” thành “chời xáng dực”, thật là tiếc cho sự mất mát này.
Điều luyến tiếc suy cho cùng có cội nguồn sâu xa của nó. Các phụ âm mất đi là những phụ âm của tiếng Việt cổ mà nhiều địa phương ở nước ta, đặc biệt là từ Nghệ An đến Thừa Thiên - Huế còn giữ được. Chữ viết không chỉ là hệ thống ghi âm đơn thuần mà còn là nơi lưu trữ lịch sử qua vấn đề từ nguyên.
Những người học tiếng Anh, tiếng Pháp thường than phiền rằng chữ một đằng âm một nẻo, nhưng cái hay là nhìn qua chữ biết được nó từ đâu đến: Hy Lạp, Latinh hay Ảrập. Trong tiếng Việt phổ thông hiện nay có cụm từ cố định “ăn trên ngồi trốc” với trốc có nghĩa là đầu. Ở miền Trung, từ trốc (được phát âm là trôốc với âm ô dài) vẫn còn giá trị sử dụng độc lập. Nó thuộc tiếng Việt cổ, cùng anh em với “gtok” của ngữ hệ Miến - Tạng, theo các chuyên gia ngôn ngữ.
Nhân đây ta thử điểm qua một số điều bất hợp lý trong cách viết tiếng Việt theo nhận xét của vị giáo sư. Năm xưa ấy, Giáo hoàng La Mã cử 2 đoàn truyền giáo ra nước ngoài, một sang Nam Phi và một sang Đông Á. Đoàn sang Nam Phi gồm những nhà triết học uyên bác, đoàn sang Đông Á thì đa số giỏi ngôn ngữ học.
Điều đó cho ta may mắn được tiếp cận với chữ viết Latinh hóa rất sớm. Các vị truyền giáo ghi âm tiếng Việt chủ yếu ở vùng Ninh Bình - Nam Định, là những nơi có cộng đồng giáo dân trù mật thời đó. Phải là những nhà ngôn ngữ học tài ba xuất chúng mới nắm bắt được trong thời gian ngắn, một ngôn ngữ đơn âm tiết, có 6 thanh và chỉ được ghi bằng chữ Nôm không nói lên gì về âm; những cách ghép chữ thành phụ âm kép như CH, KH, GH, TR, PH, TH, NH, NG đều có lý do cả, không phải tùy thích mà đặt ra.
Sở dĩ các nhà truyền giáo ghi âm tiếng Việt đã không dùng f mà dùng ph, vì ở Ninh Bình phát âm p bật hơi cho mọi trường hợp f và p. Chẳng hạn “phải” được phát âm là p-fải. Âm “khờ” được ghi bằng KH vì đó là cách phát âm K bật hơi.
Chú ý rằng những chi tiết này người thường khó phân biệt mà phải có con mắt chuyên môn. Học sinh Việt Nam khi học tiếng Pháp thường phát âm chữ g theo kiểu Việt, tức là phụ âm kêu/xát, trong khi g tiếng Pháp là phụ âm kêu/tắc. GH được ghi trước i, e, ê thành âm “gờ”, phân biệt với gi thuộc âm “dờ”. Nhiều chuyên gia cho rằng là do các tác giả chịu ảnh hưởng bởi tiếng Bồ Đào Nha hay tiếng Pháp.
TH ghi âm “thờ” coi như âm T bật hơi. Riêng CH ghi âm “chờ” thì thuận theo quy tắc: thêm h vào phụ âm nào đó ta sẽ có một phụ âm mới. TR ghi âm “trờ” là sự hình thành và biến dạng qua nhiều giai đoạn phát âm.
Hiện nay ở một số nơi còn cách phát âm: con tlâu (trâu), cây tle (tre), Đức Chúa Blời (trời). Có thể L và R thuộc loại phụ âm biên/lỏng (tiếng Pháp liquide, latéral) mà ảnh hưởng đến nhau chăng. NG ghi âm “ngờ”, NH ghi âm “nhờ” đều gắn bó vơi N vì cùng một hệ âm mũi. Chữ cái N lưu ý ta đến âm mũi nên phải đi vào tổ hợp cùng G, N tạo ra 2 âm mũi khác.
Điểm sơ như vậy để thấy vấn đề bất hợp lý cần phải nhìn qua nhiều khía cạnh chứ không đơn thuần mặt hình thức. Cái mà cần xem như việc phát âm chuẩn hiện nay quy lại trong việc phát âm đúng các thanh như người Hà Nội và cố duy trì các phụ âm tiếng Việt cổ còn tồn tại ở nhiều tỉnh miền Trung.
Nếu muốn người nước ngoài không hiểu tiếng ta mà vẫn đọc dễ dàng, chẳng hạn khi hỏi đường, tìm nhà …, thì cách viết càng gần tiếng châu Âu càng tốt. Thí dụ, nếu ta ghi “Ngô Khải” là “Qô xải” thì chắc không anh Tây nào tìm ra đường mà đi.
Đây không phải lần đầu có sự tranh luận về cải tiến chữ Quốc ngữ. Những năm 30 của thế kỷ trước đã từng bàn về nên viết liền hay ngang nối các từ phức như hyvọng, thămthẳm... hay hy-vọng, thăm-thẳm. Lịch sử cho thấy, chữ viết hiện nay tương đối ổn định, hiệu quả. điều cốt yếu cần bàn là cải tiến chữ viết như thế nào nhằm phục vụ tiến bộ xã hội và hội nhập, chứ không phải là để tiết kiệm con chữ, gây rối rắm.