Theo UBND TP, dự án vẫn đang gặp khó khăn vướng mắc trong việc điều chỉnh dự án và tăng tổng mức đầu tư do Quốc hội chưa có ý kiến, đồng thời dự án cũng chưa xác định rõ giá trị phần vốn kế hoạch ngân sách trung ương cấp phát trong tổng mức đầu tư được phê duyệt và dự kiến điều chỉnh.
Việc này dẫn đến việc Bộ Kế hoạch và Đầu tư chưa có căn cứ tổng hợp, cân đối nguồn vốn đáp ứng trong tổng mức đầu tư được điều chỉnh. Đồng thời, Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ giao UBND TP trước mắt tập trung chỉ đạo điều hành giải ngân hết vốn nước ngoài đã được giao trong năm 2017. Bộ Kế hoạch và Đầu tư hướng dẫn các bộ, ngành trung ương và địa phương điều chuyển nội bộ và bổ sung, cắt giảm kế hoạch đầu tư công vốn nước ngoài năm 2017. Trường hợp sau khi điều chuyển nội bộ vẫn thiếu vốn giải ngân, UBND TP báo cáo gửi Bộ Kế hoạch và Đầu tư để thực hiên các thủ tục ứng trước kế hoạch trung hạn vốn nước ngoài giai đoạn 2016 - 2020 cho dự án theo ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Thông báo số 288/TB-VPCP ngày 19-7-2017 của Văn phòng Chính phủ.
Trước đó, tại buổi làm việc với UBND TP ngày 23- 6-2017, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc đã đồng ý chủ trương ứng trước vốn trong kế hoạch đầu tư công trung hạn 2016 - 2020 để thực hiện dự án theo tiến độ.
Thủ tướng giao Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính, đề xuất cụ thể, báo cáo Thủ tướng Chính phủ trước ngày 30-7-2017. Tuy nhiên, đến nay, việc ứng trước vốn trung hạn 2016 - 2020 cho dự án vẫn chưa được thực hiện.
Theo kế hoạch vốn trung hạn giai đoạn 2016 - 2020 đã giao cho dự án còn lại là 4.788 tỷ đồng. Do đó, để đảm bảo việc thanh toán cho các nhà thầu vào cuối năm 2017 và đầu năm 2018 trong thời gian thực hiện các thủ tục liên quan đến tổng mức đầu tư theo quy định, không ảnh hưởng đến tiến độ thi công của dự án, UBND TP kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Kế hoạch và Đầu tư chủ trì, phối hợp Bộ Tài chính sớm tham mưu việc ứng trước kế hoạch vốn trung hạn 2016 - 2020 theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Thông báo số 288/TB-VPCP ngày 5-7-2017 với số vốn là 4.788 tỷ đồng.