Theo đó, tiếp tục tạo điều kiện phát triển cho khoảng 4.400 hợp tác xã nông nghiệp hoạt động hiệu quả ở năm 2017; đẩy mạnh ứng dụng công nghệ cao trên 1.500 hợp tác xã nông nghiệp. Củng cố, nâng cao chất lượng hoạt động, phấn đấu có 5.400 hợp tác xã hoạt động hiệu quả trong tổng số hơn 6.400 hợp tác xã nông nghiệp yếu kém hiện nay.
Đồng thời thành lập mới và tạo điều kiện cho 5.200 hợp tác xã nông nghiệp hoạt động tốt. Đề án còn xây dựng mô hình điểm để có trên 50 liên hiệp hợp tác xã hoạt động hiệu quả.
Bên cạnh đó, nhằm tổ chức lại sản xuất từng ngành hàng, dự án lựa chọn các ngành hàng chủ lực để thành lập các hợp tác xã chuyên ngành như tập trung vào sản xuất lúa gạo chất lượng cao vùng đồng bằng sông Cửu Long và các khu vực có điều kiện khác; ngành cây công nghiệp như mía đường ở 25 tỉnh trồng mía, cây cà phê ở 10 tỉnh, cây trà ở 28 tỉnh và cây điều, hồ tiêu ở Đông Nam bộ, Tây Nguyên, duyên hải miền Trung; 40 tỉnh có diện tích trồng cây ăn quả lớn; cây rau ở những vùng chuyên canh.
Phát triển hợp tác xã chăn nuôi đại gia súc (thịt, sữa) ở các tỉnh có đầu đàn gia súc lớn; hợp tác xã chăn nuôi heo, gia cầm (thịt, trứng) ở các tỉnh có đầu đàn lớn; hợp tác xã nuôi trồng thủy sản các vùng sản xuất tập trung, đánh bắt thủy sản ở 28 tỉnh có hoạt động khai thác; lâm nghiệp ở các tỉnh có rừng; diêm nghiệp ở 21 tỉnh sản xuất muối…