Trong báo cáo này, Tổng Thư ký Quốc hội cho biết, tại 19 tổ thảo luận đã ghi nhận 136 ý kiến về dự thảo này, trong đó có những ý kiến góp ý về phạm vi điều chỉnh của luật.
Cụ thể, dự thảo luật quy định về quy hoạch, chính sách phát triển kinh tế - xã hội, tổ chức và hoạt động của chính quyền địa phương và các cơ quan khác của Nhà nước tại ba đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt: Vân Đồn (Quảng Ninh), Phú Quốc (Kiên Giang) Bắc Vân Phong (Khánh Hoà).
“Bên cạnh nhiều ý kiến đồng tình thì cũng còn nhiều ý kiến đề nghị xây dựng luật để áp dụng chung đối với các đơn vị hành chính – kinh tế đặc khu chứ không chỉ cho 3 đơn vị là Vân Đồn, Phú Quốc, Bắc Vân Phong. Có ý kiến đề nghị quy định chính sách đặc thù đối với 3 đơn vị nói trên trong chương riêng. Một số ý kiến đề nghị quy định nội dung này trong nghị quyết của Quốc hội về thành lập đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt. Có đại biểu đề nghị trên cơ sở quy định của luật, Thủ tướng Chính phủ quyết định đơn vị nào, địa phương nào là đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt” - Báo cáo nêu rõ.
Đáng lưu ý, về lựa chọn địa điểm xây dựng, một số ý kiến tán thành lựa chọn như phạm vi điều chỉnh của dự luật, song cũng có ý kiến đề nghị Quốc hội xem xét, cân nhắc kỹ lưỡng hơn, không nên có các đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt trên biển, vì vấn đề biển Đông có diễn biến phức tạp.
Loại ý kiến này đề nghị nên làm thí điểm và rút kinh nghiệm ở những địa điểm thật an toàn về mặt quốc phòng, an ninh, sau đó mới mở rộng. Đối với Vân Đồn và Bắc Vân Phong thì chưa nên, đối với Phú Quốc thì không nên xây dựng đơn vị hành chính kinh tế - đặc biệt.
Ý kiến khác đề nghị xây dựng đơn vị hành chính kinh tế đặc biệt ở Vân Phong trước vì địa điểm này có thể bảo đảm an ninh, quốc phòng. Có vị đại biểu đề nghị cân nhắc chỉ xây dựng hai đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt Vân Đồn và Phú Quốc.
Một số ý kiến cho rằng nếu cùng một lúc thành lập cả 3 đơn vị thì sẽ khó thành công vì sẽ phải cạnh tranh trực tiếp với nhau. Đề nghị trong dự thảo luật này quy định những ngành nghề cốt lõi mà nhà đầu tư chỉ được đầu tư vào một đơn vị, còn nếu đầu tư vào đơn vị thứ hai thì không được hưởng ưu đãi.
Mô hình chính quyền ở các đặc khu cũng là vấn đề được đại biểu đặc biệt quan tâm. Trong đó, phương án 1 (phương án chọn của Chính phủ) được nhiều ý kiến ủng hộ hơn. Theo đó, chính quyền địa phương đặc khu là thiết chế trưởng đặc khu cùng các cơ quan chuyên môn trực thuộc và Trưởng khu hành chính (không tổ chức HĐND và UBND).
Lựa chọn phương án này, nhưng có ý kiến đề nghị trước mắt, Trưởng đặc khu do Thủ tướng bổ nhiệm, về lâu dài, sau thời hạn 5 năm thì phải do dân bầu. Loại ý kiến khác cho rằng nên quy định Trưởng đặc khu do Thủ tướng bổ nhiệm, nhưng theo hình thức thi tuyển. Chức danh này phải được lựa chọn thông qua cơ chế thi tuyển cạnh tranh, công khai, trong đó, Ủy ban nhân dân tỉnh tham mưu, Bộ Nội vụ là cơ quan thẩm định, Thủ tướng quyết định.
Lại có ý kiến khác đề nghị Trưởng đặc khu do tỉnh đề xuất bổ nhiệm, Thủ tướng ký quyết định bổ nhiệm, khi có những quyết định kinh tế mâu thuẫn với quyền lợi của khu vực đó thì sẽ bị thay thế. Phương án hơi khác một chút là Thủ tướng bổ nhiệm theo đề nghị của Chủ tịch UBND tỉnh và HĐND tỉnh nhưng khi bãi miễn thì Thủ tướng có thể tự mình quyết định hoặc theo đề nghị của các bộ, ngành Trung ương.
Cũng có ĐB đề nghị Trưởng đặc khu do Thủ tướng bổ nhiệm và chịu trách nhiệm về việc này; một số ĐB đề nghị quy định hội đồng nhân dân tỉnh có quyền đề nghị Thủ tướng miễn nhiệm, cách chức. HĐND, UBND tỉnh có quyền đình chỉ một phần hoặc toàn bộ văn bản trái pháp luật của Trưởng đặc khu.