Di tích Chùa Cầu hiện đón hơn 4.000 lượt khách tham quan/ngày, dịp lễ hội, con số này tăng rất cao, khiến công trình chịu tải lớn. Chính quyền TP Hội An đã điều tiết lượng khách qua lại tại di tích Chùa Cầu, mỗi đợt không quá 20 người.
Theo hồ sơ tư liệu, Chùa Cầu được người Nhật dựng xây ở phố cổ Hội An vào đầu thế kỷ 17. Di tích đặc biệt này nằm trong quần thể kiến trúc phố cổ Hội An được UNESCO công nhận là Di sản văn hóa thế giới, hiện đang xuống cấp. Phần thân cầu và nhiều vị trí liên kết giữa đòn tay đỡ mái với các cột bị mục. Nhiều thanh xà đỡ mái ngói bị nứt nẻ, cong vênh, không thể khớp nối nhau. Các phần mố trụ đỡ xuất hiện nhiều vết nứt, bong tróc vôi vữa…
Năm 2016, UBND tỉnh Quảng Nam tổ chức hội thảo khoa học “Trùng tu Chùa Cầu - Quan điểm và giải pháp” nhằm tìm kiếm giải pháp tu bổ Chùa Cầu trước nguy cơ di tích ngày càng xuống cấp. Tại đây, các nhà khoa học trong nước và quốc tế đã kiến nghị cần gấp rút thực hiện dự án trùng tu di tích này. Nhưng đã 3 năm trôi qua, việc tu bổ vẫn “giẫm chân tại chỗ”. Trong khi chờ phương án tối ưu, TP Hội An đã đưa ra giải pháp chống đỡ một cách tạm bợ. Gia cố tạm các vị trí dưới đáy thân Chùa Cầu, kê giá gỗ chống đỡ để tránh nguy cơ đổ sập.
“Dự kiến, cuối năm 2019, UBND tỉnh Quảng Nam và TP Hội An sẽ tổ chức hội thảo lần cuối để nhận diện các nguy cơ cũng như xác định phương thức trùng tu”, ông Nguyễn Văn Sơn, Phó Chủ tịch UBND TP Hội An nói.
Ngoài ra, nước chảy qua chân Chùa Cầu ô nhiễm nghiêm trọng. Tháng 11-2018, trạm xử lý nước thải Chùa Cầu thuộc dự án đầu tư xây dựng công trình cải thiện chất lượng nước với công nghệ xử lý nước thải hiện đại tại khu vực Chùa Cầu được đưa vào vận hành. Dự án có tổng mức đầu tư hơn 1,2 tỷ yên Nhật. Tuy nhiên, kênh nước này chỉ hết mùi hôi được vài tháng, hiện tình trạng ô nhiễm tái diễn khiến người dân và du khách phải nín thở mỗi khi qua đây.
Di tích lịch sử văn hóa quốc gia núi Phú Thọ và Cổ Lũy cô thôn được công nhận vào năm 1993, là danh lam thắng cảnh nổi tiếng của tỉnh Quảng Ngãi, không những có giá trị về du lịch, lịch sử, văn hóa mà còn trong nghiên cứu kiến trúc Chămpa. Thế nhưng cảnh quan di tích núi Phú Thọ đang bị phá vỡ nghiêm trọng, công tác bảo tồn bộc lộ nhiều yếu kém.
Ông Nguyễn Dũng, Chủ tịch UBND xã Nghĩa Phú, lo lắng: “Hơn 25 năm qua, núi Phú Thọ chưa được các cơ quan chức năng quan tâm theo đúng chính sách bảo vệ di tích; việc cắm mốc hình thành ranh giới quần thể di tích vẫn chưa được thực hiện, khiến địa phương lúng túng trong bảo vệ di tích”.
Núi Phú Thọ đến nay đã trở thành nghĩa trang “tư nhân”. Bên cạnh đó, rác thải bị vứt vương vãi khắp nơi trong di tích. Trưởng thôn Thanh An cho biết, diện tích núi Phú Thọ được công nhận di tích lên đến 8ha, thế nhưng diện tích lấn chiếm đến nay đã khoảng 1ha, chưa kể khu vực trên đỉnh, sườn núi.
Năm 2016, Bảo tàng tổng hợp tỉnh Quảng Ngãi lập biên bản và bản đồ khoanh vùng các khu vực bảo vệ di tích, trong đó có di tích núi Phú Thọ và Cổ Lũy cô thôn. Tuy nhiên, đến nay bảo tàng vẫn chưa bàn giao cho thành phố quản lý.