Trong số đó có đến 78,18% đơn có nội dung tố cáo sai, 18,92% đơn nội dung tố cáo có đúng, có sai và chỉ có chưa đến 3% nội dung đơn tố cáo là đúng. Người tố cáo bức xúc trong quá trình khiếu nại không được giải quyết thỏa đáng, hoặc giải quyết chậm trễ, kéo dài so với thời gian quy định nên đã chuyển đơn từ khiếu nại sang tố cáo, hoặc cùng một vụ việc nhưng vừa có đơn khiếu nại, vừa có đơn tố cáo yêu cầu cơ quan chức năng giải quyết theo thẩm quyền.
Cũng theo Thanh tra TP, tỷ lệ đơn tố cáo sai cao còn có nguyên nhân là đơn tố cáo nặc danh được nhiều nơi, nhiều cơ quan chức năng trong thẩm quyền đã không xem xét, xác minh cụ thể xem nội dung tố cáo có cơ sở hay không. Loại đơn này ở nhiều nơi đã bị người đứng đầu cơ quan, đơn vị, tổ chức xếp vào diện đơn có nội dung tố cáo sai, thiếu cơ sở pháp lý để xem xét. Thực tế, ở nhiều nơi, người đứng đầu cũng rất cầu thị, mong muốn làm sáng tỏ nội dung tố cáo về một vấn đề gì đó để chấn chỉnh nội bộ nên đã chỉ đạo tiến hành xác minh, kiểm tra và kết luận đúng sai rõ ràng. Từ đó, nhiều vụ việc tiêu cực, tham nhũng lớn từ đơn tố cáo nặc danh đã được thanh kiểm tra, điều tra, xử lý sai phạm theo quy định pháp luật. Thế nhưng, cũng có rất nhiều vụ việc mà người đứng đầu sợ nội bộ xảy ra chuyện này chuyện kia hoặc cố tình bao che, dung túng cho cái sai đã không đưa ra xem xét, xác minh. Chính tình trạng nơi làm, nơi không này thể hiện sự thiếu thống nhất trong thực thi pháp luật tố cáo, không khuyến khích, tạo điều kiện cho công dân và tổ chức thực hiện quyền tố cáo theo luật định, cũng như tham gia đấu tranh, phát hiện tham nhũng, lãng phí theo quy định của Luật Phòng, chống tham nhũng.
Những bất cập trong thực tế thực hiện Luật Tố cáo nêu trên cần được sửa đổi, bổ sung theo hướng coi đơn tố cáo nặc danh là có cơ sở để xem xét, xác minh, làm rõ và nếu có sai phạm thì phải bị xử lý theo pháp luật. Cùng với nhiều nội dung khác của Luật Tố cáo bộc lộ những bất cập, không phù hợp với thực tế, người dân kiến nghị trong quá trình khảo sát, thẩm tra Dự án Luật Sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Tố cáo sẽ được trình Quốc hội thông qua ở kỳ họp tới cần có quy định rõ về đơn tố cáo nặc danh. Theo đó, bất cứ đơn tố cáo nào dù có danh hay không có danh nếu thấy nội dung nêu rõ ràng, có tài liệu, chứng cứ cụ thể thì phải được chuyển cho cơ quan thẩm quyền xem xét, xác minh để có kết luận đúng, sai. Quy định được điều này sẽ khuyến khích, tạo hành lang pháp lý để cá nhân và tổ chức thực thi quyền tố cáo của mình, góp phần mang lại hiệu quả trong cuộc đấu tranh phòng, chống tham nhũng, lãng phí đang trở nên nhức nhối hiện nay.
