Trong phần xét hỏi ông Phan Vinh Vĩnh đã thừa nhận việc bị Viện Kiểm sát truy tố tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong thi hành công vụ" là đúng, bản thân ông thấy rất day dứt và hối hận khi nghe các bị cáo trả lời thẩm vấn trong những ngày qua.
Trước HĐXX, ông Phan Văn Vĩnh trình bày thêm về mối quan hệ giữa các “trùm” cờ bạc trực tuyến Nguyễn Văn Dương và Phan Sào Nam. Ông Vĩnh khai, giữa ông và Nguyễn Văn Dương từ trước tới nay không có mâu thuẫn cá nhân. Năm 2011, ông Vĩnh biết Dương từ Nam Định lên nhận nhiệm vụ tại Bộ Công an. Dương phụ trách công ty nghiệp vụ, là đối tác thực hiện nhiệm vụ C50 chỉ đạo. Lý do Công ty CNC của Nguyễn Văn Dương được lựa chọn là công ty nghiệp vụ, theo ông Vĩnh khi về nhận nhiệm vụ là Tổng Cục trưởng, C50 (Cục Cảnh sát phòng chống tội phạm sử dụng công nghệ cao) đã được thành lập và có thẩm quyền được thành lập công ty nghiệp vụ phục vụ công tác đấu tranh phòng chống tội phạm công nghệ cao.
Cũng theo ông Vĩnh, trước khi chọn Công ty CNC, Ban thường vụ đảng ủy Tổng cục cảnh sát đã thảo luận và thống nhất, lập tờ trình căn cứ vào những điều kiện, hoàn cảnh cụ thể. Sau khi xét các điều kiện có được, C50 đã báo cáo xin thành lập công ty nghiệp vụ. Công ty CNC ban đầu là công ty TNHH, C50 cử người góp vốn để tham gia ký kết hợp tác.
Cục trưởng C50 là người chịu trách nhiệm việc thành lập công ty nghiệp vụ. Theo quy định lúc đó, trong nội bộ biết được đó là công ty nghiệp vụ nên không được thảo luận cụ thể tên của công ty này mà chỉ được nói về mặt mô hình. Còn việc sử dụng như thế nào là bí mật của lực lượng công an.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Phú Thọ, khi đương chức Tổng cục trưởng Tổng cục cảnh sát, Bộ công an, ông Phan Văn Vĩnh đã có hành vi lợi dụng Bộ Công an cho phép thành lập công ty bình phong thuộc C50 (Công ty CNC), đồng tình với đề nghị của ông Nguyễn Thanh Hóa, ký ban hành Quyết định Công ty CNC là công ty bình phong khi chưa có ý kiến thống nhất của Tổng cục 3.
Bên cạnh đó, ông Phan Văn Vĩnh còn có hành vi dung túng cho Nguyễn Văn Dương và đồng phạm thực hiện tội phạm, đồng thời ngăn cản có hiệu quả đối với các cơ quan cấp dưới hoặc cơ quan phối hợp xác minh xử lý. Cựu trung tướng cũng bị cáo buộc đã ký văn bản đề nghị Bộ Thông tin và Truyền thông tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động tổ chức đánh bạc của Công ty CNC, chỉ đạo ông Nguyễn Thanh Hóa ký văn bản báo cáo đề xuất Bộ trưởng Bộ Công an cho Công ty CNC tiếp tục tổ chức đánh bạc (vận hành cổng trò chơi đổi thưởng game bài Tip.Club). Khi lãnh đạo Bộ Công an phát hiện Công ty CNC vận hành 2 game bài Rikvip.com và 23 zdo .com là đánh bạc trá hình có dấu hiệu vi phạm pháp luật, yêu cầu có báo cáo nhưng ông Phan Văn Vĩnh không chấp hành ý kiến chỉ đạo.